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- PDB-5txh: Polymorphic form 2 of amyloid-beta derived peptide - IFAEDV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5txh
タイトルPolymorphic form 2 of amyloid-beta derived peptide - IFAEDV
要素IFAEDV
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / protein fibril
機能・相同性2-プロパノール
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
Model detailsamyloid fibril
データ登録者Sangwan, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Distal amyloid beta-protein fragments template amyloid assembly.
著者: Do, T.D. / Sangwan, S. / de Almeida, N.E.C. / Ilitchev, A.I. / Giammona, M. / Sawaya, M.R. / Buratto, S.K. / Eisenberg, D.S. / Bowers, M.T.
履歴
登録2016年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IFAEDV
B: IFAEDV
C: IFAEDV
D: IFAEDV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,8315
ポリマ－2,7714
非ポリマー601
水30617
1
B: IFAEDV
C: IFAEDV

A: IFAEDV

A: IFAEDV

D: IFAEDV
ヘテロ分子

D: IFAEDV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2778
ポリマ－4,1576
非ポリマー1202
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z3
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)39.520, 9.542, 43.439
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a pair of beta sheets with beta strands. As an example, the symmetry operators to generate a pair of sheets with 4 strands in each sheet is provided

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
IFAEDV


分子量: 692.757 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Reservoir contained 20% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate pH 5.6 and 20% Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→29.23 Å / Num. obs: 3593 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 8.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5 residue beta strand

解像度: 1.45→29.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.986 / SU B: 0.96 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.058
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1384 310 9.6 %RANDOM
Rwork0.1239 ---
obs0.1253 2936 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 36.63 Å2 / Biso mean: 7.477 Å2 / Biso min: 3.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数196 0 4 17 217
Biso mean--30.79 24.68 -
残基数----24
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2031.992289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8553464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.451524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.95627.14314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.9931532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.50.48196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.490.47995
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7440.709114
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 28 -
Rwork0.175 180 -
all-208 -
obs--88.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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