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万見
- PDB-5tv1: active arrestin-3 with inositol hexakisphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tv1
タイトルactive arrestin-3 with inositol hexakisphosphate
要素Beta-arrestin-2Arrestin beta 2
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / クラスリン / phosphatidylinositol binding / receptor internalization ...angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / クラスリン / phosphatidylinositol binding / receptor internalization / protein transport / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / molecular adaptor activity / シグナル伝達 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / アレスチン / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / アレスチン / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フィチン酸 / Beta-arrestin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, Q. / Gilbert, N.C. / Perry, N.A. / Vishniveteskiy, S. / Gurevich, V.V. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095633 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077561 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM109955 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)EY011500 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis of arrestin-3 activation and signaling.
著者: Chen, Q. / Perry, N.A. / Vishnivetskiy, S.A. / Berndt, S. / Gilbert, N.C. / Zhuo, Y. / Singh, P.K. / Tholen, J. / Ohi, M.D. / Gurevich, E.V. / Brautigam, C.A. / Klug, C.S. / Gurevich, V.V. / Iverson, T.M.
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年10月14日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8606
ポリマ－44,2641
非ポリマー1,5965
水79344
1
A: Beta-arrestin-2
ヘテロ分子

A: Beta-arrestin-2
ヘテロ分子

A: Beta-arrestin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,58018
ポリマ－132,7913
非ポリマー4,78915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area10820 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area49020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.575, 97.575, 76.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-2 / Arrestin beta 2 / Arrestin beta-2 / Arrestin-3


分子量: 44263.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB2 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: P32120
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Succinate/Phosphate/Glycine pH 8.5 and 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→37.03 Å / Num. obs: 15997 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 26.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G4M

1g4m


解像度: 2.4→37.03 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 765 4.78 %
Rwork0.197 --
obs0.199 15997 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→37.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2673 0 90 44 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2853841
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9471731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007479
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.58530.34891440.29233079X-RAY DIFFRACTION99
2.5853-2.84540.3131840.26593037X-RAY DIFFRACTION99
2.8454-3.25690.26221420.21973052X-RAY DIFFRACTION97
3.2569-4.10260.22561630.19212946X-RAY DIFFRACTION95
4.1026-37.03870.21781320.16443118X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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