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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5to0 | ||||||
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タイトル | HTRA2 S276C mutant | ||||||
要素 | Serine protease HTRA2, mitochondrial | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Serine Protease (セリンプロテアーゼ) / Parkinson Disease (パーキンソン病) / Mitochondria (ミトコンドリア) / PDZ Dynamics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / regulation of autophagy of mitochondrion / ceramide metabolic process / CD40 receptor complex / : / プログラム細胞死 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / regulation of autophagy of mitochondrion / ceramide metabolic process / CD40 receptor complex / : / プログラム細胞死 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / response to herbicide / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / execution phase of apoptosis / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein autoprocessing / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of cell cycle / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / forebrain development / cellular response to retinoic acid / serine-type peptidase activity / mitochondrion organization / ミトコンドリア / protein catabolic process / ミトコンドリア / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / cellular response to heat / peptidase activity / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / 細胞骨格 / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / クロマチン / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / ミトコンドリア / タンパク質分解 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Merski, M. / Barbosa Pereira, P.J. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
資金援助 | ポルトガル, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Death Dis / 年: 2017 タイトル: Molecular motion regulates the activity of the Mitochondrial Serine Protease HtrA2. 著者: Merski, M. / Moreira, C. / Abreu, R.M. / Ramos, M.J. / Fernandes, P.A. / Martins, L.M. / Pereira, P.J.B. / Macedo-Ribeiro, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5to0.cif.gz | 71.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5to0.ent.gz | 51 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5to0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5to0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/to/5to0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35993.949 Da / 分子数: 1 / 変異: Mutation S276C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA2, OMI, PRSS25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43464, HtrA2 peptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MES / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 1 M LiCl, and 15-20% (w/v) PEG-6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→63.1 Å / Num. obs: 26268 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 30 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3828 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1LCY 解像度: 1.9→47.894 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.894 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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