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- PDB-5tip: The Structure of the Major Capsid protein of PBCV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tip
タイトルThe Structure of the Major Capsid protein of PBCV-1
要素Major capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid protein Vp54 / Adenovirus Type 2 Hexon, domain 4 / Adenovirus Type 2 Hexon; domain 4 / Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / : / Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Klose, T. / De Castro, C. / Speciale, I. / Molinaro, A. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI011219 米国
National Science Foundation (NSF, United States)EPS-1004049 米国
Stanley Medical Research Institute11R-003 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P20-RR15635 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structure of the chlorovirus PBCV-1 major capsid glycoprotein determined by combining crystallographic and carbohydrate molecular modeling approaches.
著者: De Castro, C. / Klose, T. / Speciale, I. / Lanzetta, R. / Molinaro, A. / Van Etten, J.L. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2016年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年10月18日ID: 1M3Y
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _chem_comp.type / _entity.src_method ..._chem_comp.type / _entity.src_method / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,69824
ポリマ－192,2744
非ポリマー16,42520
水20,8791159
1
A: Major capsid protein
ヘテロ分子

A: Major capsid protein
ヘテロ分子

A: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,25718
ポリマ－144,2053
非ポリマー13,05115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area34560 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area46300 Å2
手法PISA
2
B: Major capsid protein
ヘテロ分子

B: Major capsid protein
ヘテロ分子

B: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,24718
ポリマ－144,2053
非ポリマー12,04215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area33870 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area45420 Å2
手法PISA
3
C: Major capsid protein
ヘテロ分子

C: Major capsid protein
ヘテロ分子

C: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,85718
ポリマ－144,2053
非ポリマー11,65215
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area33880 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area45060 Å2
手法PISA
4
D: Major capsid protein
ヘテロ分子

D: Major capsid protein
ヘテロ分子

D: Major capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,73418
ポリマ－144,2053
非ポリマー12,52915
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area34590 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.792, 188.792, 188.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Major capsid protein / MCP / VP54


分子量: 48068.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
参照: UniProt: P30328

-
糖 , 6種, 16分子

#2: 多糖
6-deoxy-2,3-di-O-methyl-alpha-L-mannopyranose-(1-2)-beta-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose- ...6-deoxy-2,3-di-O-methyl-alpha-L-mannopyranose-(1-2)-beta-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-rhamnopyranose-(1-3)][alpha-D-galactopyranose-(1-2)]alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1381.284 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhap[2Me,3Me]a1-2LRhapb1-4DXylpb1-4[DManpa1-3DRhapa1-3][DGalpa1-2]LFucpa1-3[DXylpb1-4]DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/8,9,8/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a1122m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a212h-1b_1-5][a2211m-1b_1-5][a2211m-1a_1-5_2*OC_3*OC]/1-2-3-4-5-6-7-8-6/a3-b1_a4-i1_b2-c1_b3-d1_b4-f1_d3-e1_f4-g1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-Rhap]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-L-Rhap]{[(2+1)][a-L-Rhap2Me3Me]{}}}}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-rhamnopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-2)][beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-rhamnopyranose-(1-3)-[alpha-D-galactopyranose-(1-2)][beta-D-xylopyranose-(1-4)]alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1060.949 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DRhapa1-3[DGalpa1-2][DXylpb1-4]LFucpa1-3[DXylpb1-4]DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a1122m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2-3-4-5-6-6/a3-b1_a4-g1_b2-c1_b3-d1_b4-f1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-Rhap]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-[alpha-D-galactopyranose-(1-2)][alpha-D- ...beta-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-[alpha-D-galactopyranose-(1-2)][alpha-D-rhamnopyranose-(1-3)]alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1044.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapb1-4DXylpb1-4[DGalpa1-2][DRhapa1-3]LFucpa1-3[DXylpb1-4]DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a1122m-1a_1-5][a212h-1b_1-5][a2211m-1b_1-5]/1-2-3-4-5-6-5/a3-b1_a4-g1_b2-c1_b3-d1_b4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-Rhap]{}[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-L-Rhap]{}}}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-rhamnopyranose-(1-3)-[beta-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-rhamnopyranose-(1-3)-[beta-L-rhamnopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)][alpha-D-galactopyranose-(1-2)]alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1207.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DRhapa1-3[LRhapb1-4DXylpb1-4][DGalpa1-2]LFucpa1-3[DXylpb1-4]DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/7,8,7/[a2122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5][a2112h-1a_1-5][a1122m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a212h-1b_1-5][a2211m-1b_1-5]/1-2-3-4-5-6-7-6/a3-b1_a4-h1_b2-c1_b3-d1_b4-f1_d3-e1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(2+1)][a-D-Galp]{}[(3+1)][a-D-Rhap]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-L-Rhap]{}}}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 1163分子

#7: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.4~4.0 M sodium formate, 50 mM Tris, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月13日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.696
11L, -K, H20.304
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 148902 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 40 % / Rmerge(I) obs: 0.132
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.532 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.11.1_2575: ???) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→84.43 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5.6 / 位相誤差: 25.34 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 4236 3.04 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
obs0.1831 139146 92.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→84.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13580 0 1049 1159 15788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00415039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86820675
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.825626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.4842530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.03450.27881890.28466340X-RAY DIFFRACTION85
2.0345-2.07140.26482010.26356505X-RAY DIFFRACTION87
2.0714-2.11120.30642070.26126457X-RAY DIFFRACTION87
2.1112-2.15420.27131860.24916648X-RAY DIFFRACTION88
2.1542-2.2010.30351790.24476516X-RAY DIFFRACTION88
2.201-2.25210.27262180.23956690X-RAY DIFFRACTION90
2.2521-2.30830.25081970.23356768X-RAY DIFFRACTION90
2.3083-2.37050.2411980.22796776X-RAY DIFFRACTION91
2.3705-2.44010.25452070.23316800X-RAY DIFFRACTION91
2.4401-2.51860.26362190.22336908X-RAY DIFFRACTION92
2.5186-2.60840.2382200.22066927X-RAY DIFFRACTION93
2.6084-2.71240.27532230.21437023X-RAY DIFFRACTION94
2.7124-2.83540.21832270.20557126X-RAY DIFFRACTION95
2.8354-2.98420.21292440.18947156X-RAY DIFFRACTION96
2.9842-3.17010.19592150.17987203X-RAY DIFFRACTION96
3.1701-3.41310.20922200.16357274X-RAY DIFFRACTION96
3.4131-3.75350.1582390.14347235X-RAY DIFFRACTION96
3.7535-4.28950.13762010.12967121X-RAY DIFFRACTION94
4.2895-5.37760.16841570.12636433X-RAY DIFFRACTION84
5.3776-17.38040.20081480.17755090X-RAY DIFFRACTION66

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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