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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sys | ||||||
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タイトル | c-Src V281C bound to N-[3-({6-[(1E)-2-cyano-3-(methylamino)-3-oxoprop-1-en-1-yl]-7-(2-methoxyethyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl}ethynyl)-4-methylphenyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide inhibitor | ||||||
要素 | Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / DFG-out / covalently-linked inihibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Recycling pathway of L1 / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / 細胞結合 / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / ミトコンドリア内膜 / 細胞分化 / 細胞骨格 / endosome membrane / regulation of cell cycle / 細胞接着 / 細胞周期 / リン酸化 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dieter, E.M. / Merritt, E.A. / Maly, D.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell タイトル: A combined approach reveals a regulatory mechanism coupling Src's kinase activity, localization, and phosphotransferase-independent functions 著者: Register, A.C. / Maly, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5sys.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5sys.ent.gz | 93.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5sys.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5sys ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/5sys | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 258 - 533 / Label seq-ID: 11 - 286
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32730.656 Da / 分子数: 2 / 変異: V281C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.21 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100 mM MES pH 6, 8% PEG 3350, 10 mM NaOAc, 14% glycerol, 10 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→73.94 Å / Num. obs: 16285 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.209 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 54004 / Scaling rejects: 27 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3uqg 解像度: 2.8→73.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.819 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.792 / SU B: 32.468 / SU ML: 0.544 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.527 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 218.95 Å2 / Biso mean: 64.488 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→73.94 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 16560 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.801→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
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