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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5svl | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ATP-gated human P2X3 ion channel in the ATP-bound, closed (desensitized) state | |||||||||
要素 | P2X purinoceptor 3 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Ion Channel (イオンチャネル) / Desensitized State | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / neuromuscular synaptic transmission / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / 蠕動 / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP ...Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / neuromuscular synaptic transmission / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / 蠕動 / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / behavioral response to pain / protein homotrimerization / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to mechanical stimulus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to cold / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / sensory perception of taste / response to heat / postsynapse / response to hypoxia / receptor complex / 神経繊維 / シグナル伝達 / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Mansoor, S.E. / Lu, W. / Oosterheert, W. / Shekhar, M. / Tajkhorshid, E. / Gouaux, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: X-ray structures define human P2X3 receptor gating cycle and antagonist action. 著者: Mansoor, S.E. / Lu, W. / Oosterheert, W. / Shekhar, M. / Tajkhorshid, E. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5svl.cif.gz | 147.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5svl.ent.gz | 119.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5svl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40723.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56373 |
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-糖 , 2種, 7分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 6種, 107分子
#3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-TRS / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.65 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 21% PEG 400, 100 mM Tris, pH 8.0, 325 mM Sodium Acetate, 100 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→80 Å / Num. obs: 62472 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.84 % / Net I/σ(I): 12.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→76.983 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→76.983 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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