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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sum | ||||||
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タイトル | Ribosome assembly factor NSA1 | ||||||
要素 | Ribosome biogenesis protein NSA1リボソーム生合成 | ||||||
キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / ribosome assembly (リボソーム) / rRNA processing / ATPases associated with diverse cellular activities (AAA) / WD40 domain | ||||||
機能・相同性 | WDR74/Nsa1 / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit biogenesis / rRNA processing / WD40-repeat-containing domain superfamily / 核小体 / 細胞核 / Ribosome biogenesis protein NSA1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lo, Y.H. / Stanley, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Ribosome assembly factor 著者: Lo, Y.H. / Stanley, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5sum.cif.gz | 163.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5sum.ent.gz | 129.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5sum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5sum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5sum | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52385.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NSA1, YGL111W, G2990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53136 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Sodium citrate tribasic / PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35831 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 28.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5SUI 解像度: 2.8→24.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.084 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.316 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 200 Å2 / Biso mean: 48.085 Å2 / Biso min: 19.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.8→24.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.801→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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