+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5rcy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Endothiapepsin ground state model 20 | ||||||
要素 | Endothiapepsinエンドチアペプシン | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / FragMAX / FragMAXapp / fragment screening / inhibition (酵素阻害剤) / F2X-Entry | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.11 Å | ||||||
データ登録者 | Weiss, M.S. / Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: F2X-Universal and F2X-Entry: Structurally Diverse Compound Libraries for Crystallographic Fragment Screening. 著者: Wollenhaupt, J. / Metz, A. / Barthel, T. / Lima, G.M.A. / Heine, A. / Mueller, U. / Klebe, G. / Weiss, M.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5rcy.cif.gz | 84.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5rcy.ent.gz | 65.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5rcy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/5rcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/5rcy | HTTPS FTP |
---|
-グループ登録
ID | G_1002147 (88エントリ) |
---|---|
タイトル | PanDDA analysis of F2X-Entry vs. Endothiapepsin |
タイプ | undefined |
解説 | PanDDA analysis of F2X-Entry vs. Endothiapepsin, including auto-refined models with ligands placed according to PanDDA-map and automatically refined models necessary to reproduce ground state model |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (クリ胴枯病) / 参照: UniProt: P11838, エンドチアペプシン |
---|
-非ポリマー , 7種, 343分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.33 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.827 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.11→42.87 Å / Num. obs: 121523 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.707 % / Biso Wilson estimate: 18.532 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.19 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 860561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.11→42.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 0.601 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.67 Å2 / Biso mean: 15.224 Å2 / Biso min: 9.55 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.11→42.87 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.106→1.135 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|