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- PDB-5qqk: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qqk
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-359-835
要素
  • Kalirin
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードHydrolase/Transferase / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / XChemExplorer / Hydrolase-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of respiratory burst / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / engulfment of apoptotic cell / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly ...regulation of respiratory burst / regulation of neutrophil migration / negative regulation of interleukin-23 production / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / engulfment of apoptotic cell / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / respiratory burst / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / PCP/CE pathway / cell projection assembly / RHO GTPases activate CIT / RHO GTPases activate KTN1 / ruffle organization / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / cortical cytoskeleton organization / regulation of stress fiber assembly / Azathioprine ADME / positive regulation of neutrophil chemotaxis / negative regulation of fibroblast migration / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / thioesterase binding / regulation of nitric oxide biosynthetic process / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Nef and signal transduction / motor neuron axon guidance / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / regulation of lamellipodium assembly / Activation of RAC1 / regulation of small GTPase mediated signal transduction / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / semaphorin-plexin signaling pathway / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / regulation of cell size / DSCAM interactions / positive regulation of lamellipodium assembly / small GTPase mediated signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / RHO GTPases activate PAKs / ficolin-1-rich granule membrane / RHOA GTPase cycle / positive regulation of focal adhesion assembly / RHOG GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases activate IQGAPs / extrinsic component of membrane / anatomical structure morphogenesis / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ephrin receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / regulation of actin cytoskeleton organization / GPVI-mediated activation cascade / localization / EPHB-mediated forward signaling / G protein activity / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / neuron migration / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / 低分子量GTPアーゼ / actin filament organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / substrate adhesion-dependent cell spreading / 運動性 / secretory granule membrane / vesicle-mediated transport / RHO GTPases Activate Formins / VEGFR2 mediated vascular permeability / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / positive regulation of endothelial cell migration / Signal transduction by L1 / cell projection / G alpha (12/13) signalling events / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / 軸索誘導 / MAPK6/MAPK4 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain ...Rho GDP/GTP exchange factor Kalirin/TRIO / : / : / SH3-RhoGEF linking unstructured region / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Divergent CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily / Spectrin repeat / Spectrin repeat / small GTPase Rho family profile. / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Small GTPase Rho / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Ras subfamily of RAS small GTPases / Rab subfamily of small GTPases / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / PH domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / PH domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N6V / Kalirin / Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Gray, J.L. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Jimenez Antunez, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Brennan, P.E. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Gray, J.L. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Jimenez Antunez, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Brennan, P.E. / von Delft, F.
履歴
登録2019年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
B: Kalirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4904
ポリマ－41,0722
非ポリマー4182
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.584, 62.584, 341.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 19797.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000
#2: タンパク質 Kalirin / / Huntingtin-associated protein-interacting protein / Protein Duo / Serine/threonine-protein kinase ...Huntingtin-associated protein-interacting protein / Protein Duo / Serine/threonine-protein kinase with Dbl- and pleckstrin homology domain


分子量: 21274.471 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KALRN, DUET, DUO, HAPIP, TRAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60229, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-N6V / N-{1-[2-(diethylamino)ethyl]-1H-indol-5-yl}-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea


分子量: 355.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N5O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 % / Mosaicity: 0.19 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→54.2 Å / Num. obs: 20517 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.456 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.469 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 364511 / Scaling rejects: 111
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.24-2.3618.44.8185269028620.5171.174.9611.4100
7.07-54.214.90.066123588280.9990.0170.06931.699.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5O33

5o33


解像度: 2.24→56.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.867 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2656 1011 5 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2031 19384 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 173.28 Å2 / Biso mean: 44.67 Å2 / Biso min: 20.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20.46 Å20 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----2.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→56.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2773 0 30 339 3142
Biso mean--61.05 53.13 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022864
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6181.9793894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0336085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9325354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37424.878123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88315472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9231511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4974.4461422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4964.4481423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3856.6571775
LS精密化 シェル解像度: 2.237→2.295 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 84 -
Rwork0.337 1340 -
all-1424 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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