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- PDB-5qjh: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qjh
タイトルPanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of NUDT5 in complex with Z375990520
要素ADP-sugar pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / NUDT5
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / 8-oxo-GDP phosphatase activity ...ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process / ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-ribose diphosphatase activity / 8-oxo-GDP phosphatase activity / D-ribose catabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / nucleotide metabolic process / snoRNA binding / nucleotidyltransferase activity / クロマチンリモデリング / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K0Y / ADP-sugar pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Dubianok, Y. / Collins, P. / Krojer, T. / Wright, N. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Huber, K. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands)
著者: Dubianok, Y. / Collins, P. / Krojer, T. / Wright, N. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Huber, K. / von Delft, F.
履歴
登録2018年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-sugar pyrophosphatase
B: ADP-sugar pyrophosphatase
C: ADP-sugar pyrophosphatase
D: ADP-sugar pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,15917
ポリマ－92,5444
非ポリマー61413
水4,053225
1
A: ADP-sugar pyrophosphatase
B: ADP-sugar pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,72710
ポリマ－46,2722
非ポリマー4558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
2
C: ADP-sugar pyrophosphatase
D: ADP-sugar pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4317
ポリマ－46,2722
非ポリマー1595
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area15870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.010, 59.630, 79.830
Angle α, β, γ (deg.)79.410, 81.640, 75.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ADP-sugar pyrophosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked ...8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 5 / hNUDT5 / YSA1H


分子量: 23136.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT5, NUDIX5, HSPC115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UKK9, ADP-ribose diphosphatase, 8-oxo-dGDP phosphatase, ADP-D-ribose pyrophosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-K0Y / methyl N-(5-methyl-1,2-oxazole-3-carbonyl)glycinate


分子量: 198.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N2O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 33 % PEG4k, 0.2 MgCl2 and 0.1 M Tris / PH範囲: pH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→43.03 Å / Num. obs: 53231 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 93805 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.03-2.081.70.522653438670.7460.5220.7391.394.8
9.08-43.0320.02611946060.990.0260.03719.697.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6GRU

6gru


解像度: 2.03→78.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.398 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 2636 5 %RANDOM
Rwork0.2237 ---
obs0.2261 50594 96.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.83 Å2 / Biso mean: 39.869 Å2 / Biso min: 15.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7 Å20.48 Å20.91 Å2
2---0.48 Å20.76 Å2
3----2.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→78.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5709 0 35 225 5969
Biso mean--47.99 40.03 -
残基数----770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9798443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.956312959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3125814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.85624.523241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33315922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2731532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9324.143389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9334.1423386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4286.1644054
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.083 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 193 -
Rwork0.335 3661 -
all-3854 -
obs--94.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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