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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qaq | ||||||
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タイトル | OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 21b | ||||||
要素 | Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Oxacillinase / Inhibitor / Complex / OXA / Antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / beta-lactamase (Β-ラクタマーゼ) / fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lund, B.A. / Leiros, H.K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2018 タイトル: A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - Oxacillinase-48: Synthesis, structural evaluation and inhibitor design. 著者: Akhter, S. / Lund, B.A. / Ismael, A. / Langer, M. / Isaksson, J. / Christopeit, T. / Leiros, H.S. / Bayer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qaq.cif.gz | 580.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qaq.ent.gz | 491.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qaq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/5qaq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/5qaq | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002027 (37エントリ) |
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タイトル | A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - oxacillinase-48: synthesis, structural evaluation and inhibitor design |
タイプ | undefined |
解説 | A focused fragment library targeting the antibiotic resistance enzyme - oxacillinase-48: synthesis, structural evaluation and inhibitor design |
-関連構造データ
関連構造データ | 5dtkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 24 - 265 / Label seq-ID: 2 - 243
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28226.951 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, Β-ラクタマーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 8-11% PEG 8000 and 4-8% 1-butanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97623 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→43.46 Å / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09331 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 15.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7104 / Num. unique obs: 34137 / Rrim(I) all: 0.77 / Net I/σ(I) obs: 2.56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY: 5dtk 解像度: 2.4→43.46 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→43.46 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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