PDB-5pzv: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5pzv

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(4-bromopyridin-2-yl)-3-(4-chlorophenyl)sulfonylurea

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / cellular response to magnesium ion / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(4-bromopyridin-2-yl)-3-(4-chlorophenyl)sulfonylurea
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5pzv.cif.gz	501.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5pzv.ent.gz	413.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5pzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzv	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

-
関連構造データ

類似構造データ	5pzs-d 5pzy-2 5q02-d 5pzx-2 4mjo-1 3kc0-d 2y5l-1 2fix-d 5pzr-d 5pzu-d 5pzz-1 5q0b-d 5q04-2 5q04-1 4fbp-d 5pzw-d 2wbd-2 5q07-1 3kbz-d 2wbb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.618, 83.409, 277.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	9 - 61	10 - 62
1	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	72 - 335	73 - 336
2	1	ASP	ASP	SER	SER	chain B	B	B	9 - 335	10 - 336
3	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	9 - 61	10 - 62
3	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	72 - 335	73 - 336
4	1	ASP	ASP	SER	SER	chain D	D	D	9 - 335	10 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-94G / N-[(4-bromopyridin-2-yl)carbamoyl]-4-chlorobenzene-1-sulfonamide 分子量: 390.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉BrClN₃O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1002 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.672 Å / Num. obs: 100175 / % possible obs: 93.75 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.672 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	5009	5 %
R_work	0.1906	95166	-
obs	0.193	100175	93.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.9 Å² / B_iso mean: 29.6444 Å² / B_iso min: 5.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9729	0	84	1002	10815
B_iso mean	-	-	56.99	37.29	-
残基数	-	-	-	-	1271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9989
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	13496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.449	6062

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6090	X-RAY DIFFRACTION	9.362	TORSIONAL
1	2	B	6090	X-RAY DIFFRACTION	9.362	TORSIONAL
1	3	C	6090	X-RAY DIFFRACTION	9.362	TORSIONAL
1	4	D	6090	X-RAY DIFFRACTION	9.362	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3433	174	0.2705	2899	3073	87
2.0227-2.0465	0.3251	157	0.2522	2851	3008	85
2.0465-2.0715	0.3149	143	0.2553	2896	3039	87
2.0715-2.0977	0.3184	153	0.249	2917	3070	87
2.0977-2.1253	0.336	185	0.245	2903	3088	88
2.1253-2.1544	0.3022	149	0.2295	2957	3106	88
2.1544-2.1852	0.2561	141	0.2247	2983	3124	88
2.1852-2.2178	0.323	134	0.2251	2984	3118	89
2.2178-2.2524	0.2963	178	0.2198	2942	3120	88
2.2524-2.2893	0.2602	155	0.2124	2977	3132	90
2.2893-2.3288	0.2393	153	0.2045	3032	3185	89
2.3288-2.3711	0.2914	147	0.2015	3032	3179	91
2.3711-2.4167	0.2554	180	0.194	3013	3193	90
2.4167-2.466	0.2709	156	0.1981	3080	3236	92
2.466-2.5196	0.2507	157	0.2027	3111	3268	92
2.5196-2.5782	0.2503	180	0.2038	3102	3282	94
2.5782-2.6426	0.259	161	0.2025	3204	3365	95
2.6426-2.714	0.2412	159	0.2022	3235	3394	96
2.714-2.7938	0.2451	165	0.195	3310	3475	98
2.7938-2.8839	0.2549	198	0.1929	3320	3518	99
2.8839-2.9869	0.2419	179	0.1958	3385	3564	100
2.9869-3.1064	0.2408	165	0.1982	3377	3542	100
3.1064-3.2476	0.228	159	0.1906	3431	3590	100
3.2476-3.4186	0.2358	202	0.1804	3338	3540	100
3.4186-3.6324	0.222	184	0.1699	3419	3603	100
3.6324-3.9123	0.2206	177	0.1668	3426	3603	100
3.9123-4.3049	0.1815	182	0.1626	3444	3626	100
4.3049-4.9254	0.1737	191	0.1466	3436	3627	100
4.9254-6.1962	0.2211	174	0.1773	3514	3688	100
6.1962-29.675	0.2248	171	0.1902	3648	3819	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0427	0.0098	0.0043	0.017	-0.0312	0.042	-0.0814	0.0802	-0.0094	0.0311	0.1376	0.0137	-0.0409	-0.0257	0.0013	0.1745	0.0119	0.0357	0.1538	0.0096	0.1332	17.0676	41.8732	16.0126
2	0.0343	0.0154	-0.0294	0.0633	-0.0585	0.0596	-0.0388	0.1197	0.0775	-0.0052	0.0072	-0.0204	-0.1254	0.0709	-0.0636	0.116	-0.0636	0.0416	0.1796	0.0125	0.1093	34.7199	44.6226	10.9063
3	0.0142	-0.0173	-0.004	0.0032	0.001	0.0064	0.0476	0.0638	-0.0004	-0.0546	-0.002	-0.0998	-0.0732	0.1176	0	0.216	-0.0587	0.0626	0.2584	0.0016	0.1617	36.9393	45.5825	2.834
4	0.0355	-0.0242	0.0161	0.0179	0.0083	0.0132	0.0034	-0.029	-0.0403	0.0845	0.0336	0.0376	-0.0155	0.06	0.0019	0.0962	0.0076	0.013	0.1302	-0.0318	0.146	36.5623	19.2529	37.2165
5	0.0588	-0.0293	-0.0265	0.0562	-0.0039	0.0087	0.0984	0.1318	-0.1369	0.0071	0.0362	0.0328	-0.0588	0.1574	0.1737	0.1236	-0.0034	0.0804	0.2384	-0.1123	0.0843	41.6139	18.5218	18.9496
6	0.0116	0.0178	0.0082	0.0313	0.0025	0.0334	-0.0683	0.0649	-0.0968	-0.0175	-0.0604	-0.0403	-0.0178	0.1191	-0.1066	0.1138	0.0875	0.0812	0.3023	-0.1627	0.043	49.6609	16.3308	16.4007
7	0.0247	-0.0129	0.0095	0.059	0.0315	0.0175	-0.007	-0.0139	0.0387	-0.1009	0.0356	-0.0522	-0.0396	-0.0056	-0.0132	0.1252	0.0043	0.0402	0.0574	-0.0223	0.0899	16.1846	48.8634	41.5068
8	0.0402	-0.0304	-0.0088	0.0624	-0.0269	0.0455	0.0027	-0.0226	0.0577	0.0218	-0.0046	0.086	-0.0026	-0.0642	-0.0239	0.1129	0.034	0.05	0.0916	-0.0136	0.1169	-2.7466	46.8679	49.6561
9	0.03	0.0264	-0.0142	0.0278	-0.0358	0.0259	-0.0158	0.0578	-0.1076	-0.0515	0.0455	-0.0193	0.0571	-0.0152	0.0075	0.1247	0.0157	0.0146	0.0768	-0.0201	0.1308	12.2265	12.7346	37.0258
10	0.1514	0.0647	-0.0643	0.0739	-0.0241	0.0758	0.0491	-0.0214	-0.077	0.1085	-0.0276	-0.0186	0.0422	-0.0009	0.073	0.1156	-0.0064	0.0561	0.0673	0.0159	0.0598	2.5974	17.1114	55.3823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 131 )	A	9 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 132 through 247 )	A	132 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 248 through 335 )	A	248 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 122 )	B	9 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 123 through 247 )	B	123 - 247
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 248 through 335 )	B	248 - 335
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 9 through 131 )	C	9 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 132 through 335 )	C	132 - 335
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 9 through 122 )	D	9 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 123 through 335 )	D	123 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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