PDB-5pzs: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5pzs

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(3-chlorophenyl)sulfonyl-3-[6-[(3-chlorophenyl)sulfonylcarbamoylamino]hexyl]urea

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / Gluconeogenesis / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.368 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(3-chlorophenyl)sulfonyl-3-[6-[(3- ...
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5pzs.cif.gz	493.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5pzs.ent.gz	407.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5pzs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5pzs_validation.pdf.gz	913.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5pzs_full_validation.pdf.gz	923.3 KB	表示
XML形式データ	5pzs_validation.xml.gz	51.4 KB	表示
CIF形式データ	5pzs_validation.cif.gz	73.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzs	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

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関連構造データ

類似構造データ	5pzv-d 5pzy-2 2y5l-1 3kc0-d 5pzr-d 5q02-d 2wbd-2 5q04-1 2fix-d 4mjo-1 5pzx-2 5q0b-d 5pzz-1 5pzu-d 2y5l-2 5pzw-d 2wbb-1 5q07-1 5q04-2 5q0a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.657, 83.267, 277.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	9 - 61	10 - 62
1	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	72 - 335	73 - 336
2	1	ASP	ASP	SER	SER	chain B	B	B	9 - 335	10 - 336
3	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	9 - 61	10 - 62
3	2	LYS	LYS	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	72 - 335	73 - 336
4	1	ASP	ASP	SER	SER	chain D	D	D	9 - 335	10 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-93Y / N,N'-(hexane-1,6-diyldicarbamoyl)bis(3-chlorobenzene-1-sulfonamide) 分子量: 551.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄Cl₂N₄O₆S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.368→29.888 Å / Num. obs: 62129 / % possible obs: 95.71 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.368→29.888 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2325	3138	5.05 %
R_work	0.1741	58991	-
obs	0.1771	62129	95.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 95.38 Å² / B_iso mean: 29.0509 Å² / B_iso min: 4.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.368→29.888 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9729	0	68	624	10421
B_iso mean	-	-	35.05	34.87	-
残基数	-	-	-	-	1271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	13468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.648	6072

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6095	X-RAY DIFFRACTION	9.706	TORSIONAL
1	2	B	6095	X-RAY DIFFRACTION	9.706	TORSIONAL
1	3	C	6095	X-RAY DIFFRACTION	9.706	TORSIONAL
1	4	D	6095	X-RAY DIFFRACTION	9.706	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3685-2.4055	0.2801	70	0.2006	1334	1404	48
2.4055-2.4449	0.3093	123	0.1955	2277	2400	82
2.4449-2.487	0.2602	122	0.1848	2405	2527	87
2.487-2.5322	0.2698	142	0.192	2620	2762	95
2.5322-2.5809	0.2847	129	0.1985	2671	2800	96
2.5809-2.6336	0.2549	163	0.1939	2664	2827	98
2.6336-2.6908	0.2849	148	0.1957	2799	2947	99
2.6908-2.7533	0.2946	139	0.1915	2719	2858	99
2.7533-2.8221	0.2754	138	0.1843	2792	2930	100
2.8221-2.8984	0.253	158	0.1823	2759	2917	100
2.8984-2.9836	0.2581	146	0.187	2779	2925	100
2.9836-3.0798	0.2782	146	0.1951	2794	2940	100
3.0798-3.1898	0.2582	158	0.1833	2756	2914	100
3.1898-3.3173	0.2514	132	0.1777	2799	2931	100
3.3173-3.4681	0.2158	147	0.1727	2814	2961	100
3.4681-3.6506	0.2289	149	0.1674	2784	2933	100
3.6506-3.8789	0.2331	147	0.1725	2810	2957	100
3.8789-4.1777	0.1948	139	0.1542	2853	2992	100
4.1777-4.5967	0.1775	160	0.1448	2811	2971	100
4.5967-5.2587	0.1984	150	0.1462	2865	3015	100
5.2587-6.6136	0.2091	160	0.1819	2886	3046	100
6.6136-29.8908	0.2079	172	0.1778	3000	3172	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0527	-0.0076	0.0577	-0.0023	0.1023	0.1156	0.0064	0.084	-0.0005	0.0115	0.067	0.0429	-0.1458	-0.0763	0.0273	0.1422	0.0022	0.0254	0.1003	-0.0094	0.1071	17.2404	41.5221	21.0406
2	0.0364	0.0015	0.0186	0.0239	-0.0157	0.0428	-0.1025	0.1591	-0.0007	-0.0726	0.0759	0.1359	0.0842	0.0315	-0.005	0.1198	0.0377	0.0373	0.1146	-0.0247	0.1048	16.4456	41.4947	8.525
3	0.1011	-0.0308	0.0246	0.1523	-0.0405	0.0765	0.0113	0.0787	0.0889	0.0096	-0.0109	-0.0774	-0.1047	0.0144	-0.0038	0.1195	-0.0177	0.0039	0.146	0.0026	0.1147	34.626	44.3073	11.2503
4	0.133	-0.0662	0.0765	0.1576	-0.0057	0.0982	0.2042	0.2825	-0.0465	-0.1419	-0.0372	-0.1546	0.0252	0.1452	0.112	0.0868	-0.1481	0.0388	0.1553	0.0324	0.1068	36.8477	45.3955	3.157
5	-0.047	-0.0049	-0.0417	0.025	-0.0578	0.0787	-0.0563	0.0138	-0.1086	0.0446	0.0235	-0.0019	-0.0304	0.0558	-0.0027	0.1937	0.0091	0.0254	0.1155	-0.0128	0.1862	31.8256	19.6075	35.8082
6	0.0143	-0.032	0.0106	0.0112	-0.0263	0.0012	-0.06	-0.0164	-0.0685	0.0373	0.0956	0.1035	-0.0488	0.1652	0	0.1543	0.0117	0.0213	0.1572	-0.015	0.148	45.7536	16.7045	39.6459
7	0.1049	0.0592	0.0982	0.1178	0.1241	0.1199	0.0622	0.1418	0.0052	0.1439	0.0151	-0.0988	-0.0345	0.0791	0.0252	0.1285	-0.0092	0.0072	0.1511	-0.0183	0.118	46.5872	16.4115	32.6318
8	0.2197	-0.1372	0.0762	0.1927	-0.1025	0.1425	0.0414	0.0654	-0.0838	0.0093	-0.0415	0.0619	0.0019	0.1966	0.0652	0.0729	-0.0252	0.0144	0.1647	-0.0412	0.077	41.3112	19.5658	14.3324
9	0.0658	-0.0291	0.0221	0.0503	-0.0414	0.0598	-0.1023	0.0224	-0.048	0.0244	-0.017	0.0074	-0.1722	0.1457	-0.1158	0.0143	0.0927	0.0073	0.185	-0.1065	0.1552	50.711	13.2424	16.8699
10	0.108	-0.0517	0.0188	0.0787	-0.0226	0.0309	-0.0447	-0.0005	0.0241	-0.0047	0.0461	-0.0151	-0.1406	0.0615	0.0005	0.1975	-0.0103	0.0249	0.1001	0.0003	0.1208	15.9067	48.2161	41.7164
11	0.0668	0.0398	0.037	0.1456	-0.164	0.1379	-0.013	0.0238	0.1903	-0.0568	0.0557	0.1035	-0.0505	-0.0718	0.0455	0.1415	0.037	0.0072	0.0985	-0.0012	0.1046	-1.5356	44.5335	46.9299
12	0.0869	-0.0484	0.0844	0.1506	-0.1133	0.221	0.0097	-0.1339	0.0378	0.0765	0.1503	0.1039	-0.0369	-0.1158	0.2358	0.1422	0.0672	0.0206	0.1247	-0.0408	0.0974	-4.8517	48.0408	53.7114
13	0.1439	0.0167	-0.0396	0.0759	-0.0367	0.1634	0.0149	0.0353	-0.0735	-0.0126	-0.036	0.0116	0.123	-0.0136	-0.1208	0.0875	0.0322	0.0074	0.0573	-0.0122	0.1052	12.1775	12.129	37.0601
14	0.1657	0.0028	-0.1755	0.1982	-0.034	0.1989	0.0027	-0.0327	-0.0618	0.0464	0.0112	-0.0282	0.0626	-0.009	0.0161	0.1368	-0.0089	-0.006	0.1306	0.0305	0.1241	2.6516	16.3773	55.4137

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 88 )	A	9 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 89 through 131 )	A	89 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 247 )	A	132 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 248 through 335 )	A	248 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 88 )	B	9 - 88
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 122 )	B	89 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 123 through 155 )	B	123 - 155
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 156 through 274 )	B	156 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 275 through 335 )	B	275 - 335
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 9 through 131 )	C	9 - 131
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 132 through 247 )	C	132 - 247
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 248 through 335 )	C	248 - 335
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 9 through 122 )	D	9 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 123 through 335 )	D	123 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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