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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5pz7 | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of SP100 after initial refinement with no ligand modelled (structure 103) | ||||||
要素 | Nuclear autoantigen Sp-100 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / bromodomain (ブロモドメイン) / epigenetics (エピジェネティクス) / XChemExplorer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of Fas signaling pathway / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / negative regulation of viral transcription / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of endothelial cell migration / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / type I interferon-mediated signaling pathway / response to type II interferon ...regulation of Fas signaling pathway / maintenance of protein location / chromo shadow domain binding / negative regulation of viral transcription / response to type I interferon / negative regulation of protein export from nucleus / negative regulation of endothelial cell migration / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / type I interferon-mediated signaling pathway / response to type II interferon / negative regulation of DNA binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / retinoic acid receptor signaling pathway / regulation of angiogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / type II interferon-mediated signaling pathway / response to retinoic acid / telomere maintenance / nuclear periphery / response to cytokine / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / PML body / kinase binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Interferon gamma signaling / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å | ||||||
データ登録者 | Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. ...Pearce, N.M. / Krojer, T. / Talon, R. / Bradley, A.R. / Fairhead, M. / Sethi, R. / Wright, N. / MacLean, E. / Collins, P. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / Renjie, Z. / Dias, A. / Ng, J. / Brennan, P.E. / Cox, O. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / von Delft, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: A multi-crystal method for extracting obscured crystallographic states from conventionally uninterpretable electron density. 著者: Pearce, N.M. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Collins, P. / Nowak, R.P. / Talon, R. / Marsden, B.D. / Kelm, S. / Shi, J. / Deane, C.M. / von Delft, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5pz7.cif.gz | 104.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5pz7.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5pz7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pz7 | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002025 (114エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition of models of ground state datasets |
タイプ | ground state |
解説 | human SP100 screened against the Maybridge Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1. Check out the PanDDA event maps at https://zenodo.org/record/290201/files/0_index.html |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ptbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21498.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SP100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23497 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-MES / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 % / Mosaicity: 0 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MES pH 6.1 -- 20% PEG20K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月2日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.54→31.47 Å / Num. obs: 65960 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 231816 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.5 %
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 4PTB 解像度: 1.54→31.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.627 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 166.6 Å2 / Biso mean: 30.029 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.54→31.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
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