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- PDB-5p9s: humanized rat COMT in complex with 8-hydroxy-6-[3-methyl-5-(4-met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5p9s
タイトルhumanized rat COMT in complex with 8-hydroxy-6-[3-methyl-5-(4-methylpiperazine-1-carbonyl)thiophen-2-yl]-3H-quinazolin-4-one
要素Catechol O-methyltransferaseカテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / response to salt / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / renin secretion into blood stream / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / 発生生物学 / renal filtration / renal albumin absorption / dopamine secretion / S-adenosylmethionine metabolic process / negative regulation of dopamine metabolic process / 馴化 / artery development / catecholamine metabolic process / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / response to food / exploration behavior / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / dopamine metabolic process / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / response to inorganic substance / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to organic substance / kidney development / 学習 / female pregnancy / response to cytokine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / multicellular organism growth / visual learning / response to organic cyclic compound / 記憶 / response to toxic substance / 認識 / 血圧 / response to wounding / response to estrogen / cell body / 遺伝子発現 / メチル化 / postsynapse / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / response to hypoxia / learning or memory / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / 樹状突起 / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / O-methyltransferase / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7JK / S-アデノシル-L-ホモシステイン / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ehler, A. / Jakob-Roetne, R. / Rudolph, M.G.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a COMT complex
著者: Lerner, C. / Jakob-Roetne, R. / Groebke-Zbinden, K. / Buettelmann, B. / Rudolph, M.G.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.22021年11月17日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / pdbx_deposit_group
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_deposit_group.group_description
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4884
ポリマ－24,6941
非ポリマー7933
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.517, 50.517, 168.856
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / Humanized rat COMT


分子量: 24694.332 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE FORM, RESIDUES 44-264 / 変異: M134I, Y138C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P22734, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-7JK / 6-[3-methyl-5-(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl-thiophen-2-yl]-8-oxidanyl-3~{H}-quinazolin-4-one / 8-hydroxy-6-[3-methyl-5-(4-methylpiperazine-1-carbonyl)thiophen-2-yl]-3H-quinazolin-4-one


分子量: 384.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N4O3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, CHES, PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→56.29 Å / Num. obs: 11761 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.19 % / Biso Wilson estimate: 47.86 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rrim(I) all: 0.17 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 14.57 / Num. measured all: 213890
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.362.1611.37136748418290.7692.23198.6
2.36-2.421.6011.99161158318260.8131.64499.4
2.42-2.491.3252.52158988108100.8931.36100
2.49-2.571.2132.86149237777750.8851.24799.7
2.57-2.661.0063.54148747817800.8991.03499.9
2.66-2.750.8354.28130727227210.9460.85999.9
2.75-2.850.6215.92129477157130.9630.63999.7
2.85-2.970.5027.74127886936930.9810.516100
2.97-3.10.38210.93125676546540.9850.393100
3.1-3.250.27914.99121696436430.9940.286100
3.25-3.430.22517.48111606016010.9970.232100
3.43-3.640.18321.5799705915800.9960.18998.1
3.64-3.890.15524.5884915425310.9930.1698
3.89-4.20.11530.3498955245190.9980.11899
4.2-4.60.07737.4388004784780.9990.079100
4.6-5.140.08136.7573864294290.9990.084100
5.14-5.940.08733.7464533833830.9990.09100
5.94-7.270.0738.5962453493490.9990.072100
7.27-10.290.04445.09417527427410.046100
10.29-56.290.0445.6122881771730.9990.04197.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_728精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.3→42.351 Å / FOM work R set: 0.7813 / SU ML: 0.6 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.05 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: close contact between piperazine and Met. two crystals merged
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2582 557 4.77 %random
Rwork0.2064 11118 --
obs0.2089 11675 99.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.496 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.44 Å2 / Biso mean: 49.5 Å2 / Biso min: 28.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2458 Å20 Å2-0 Å2
2--6.2458 Å2-0 Å2
3----12.4915 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→42.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1679 0 54 43 1776
Biso mean--47.96 44.96 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121774
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1212417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071269
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.96661
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.53150.42551370.31262705284299
2.5315-2.89780.34051310.279627312862100
2.8978-3.65060.31531390.22382774291399
3.6506-42.35780.19421500.16482908305899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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