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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oq0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of transthyretin mutant 87-110-117 | ||||||
要素 | Transthyretinトランスサイレチン | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / homo-tetramer / retinol-binding protein / TTR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Zanotti, G. / Vallese, F. / Berni, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017 タイトル: Structural and dynamics evidence for scaffold asymmetric flexibility of the human transthyretin tetramer. 著者: Zanotti, G. / Vallese, F. / Ferrari, A. / Menozzi, I. / Saldano, T.E. / Berto, P. / Fernandez-Alberti, S. / Berni, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oq0.cif.gz | 59.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oq0.ent.gz | 43.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oq0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/5oq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/5oq0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4wo0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13821.456 Da / 分子数: 1 / 変異: F87M/L110M/S117E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium phosphate (pH 7.5), 2.2 M ammonium sulphate PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.973186 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.973186 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→52.29 Å / Num. obs: 9125 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.916 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rpim(I) all: 0.514 / % possible all: 80.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4WO0 解像度: 1.94→41.783 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.57
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→41.783 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 43.0719 Å / Origin y: 90.1711 Å / Origin z: 12.8608 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |