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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oja | ||||||
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タイトル | Structure of MbQ | ||||||
要素 | Myoglobinミオグロビン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / myoglobin (ミオグロビン) / NMH / N-methylhistidine / heme (ヘム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / 筋形質 / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / peroxidase activity / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Physeter catodon (マッコウクジラ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.347 Å | ||||||
データ登録者 | Hayashi, T. / Pott, M. / Mori, T. / Mittl, P. / Green, A. / Hivert, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018 タイトル: A Noncanonical Proximal Heme Ligand Affords an Efficient Peroxidase in a Globin Fold. 著者: Pott, M. / Hayashi, T. / Mori, T. / Mittl, P.R.E. / Green, A.P. / Hilvert, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oja.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oja.ent.gz | 33.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oja.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oj/5oja | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18366.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ) 遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185 |
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#2: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M SPG (pH 7.0), 30% PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.347→50 Å / Num. obs: 28974 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 11.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.347→1.43 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 4410 / CC1/2: 0.741 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5OJ9 解像度: 1.347→38.961 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.347→38.961 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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