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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oea | |||||||||
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タイトル | Structure of large terminase from the thermophilic bacteriophage D6E in complex with ATP-gamma-S (Crystal form 3) | |||||||||
要素 | Large subunit terminase | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / large terminase | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage terminase, large subunit / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / nucleotide binding / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Large subunit terminase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Deep-sea thermophilic phage D6E (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Greive, S.J. / Antson, A.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Structure of the large terminase from a hyperthermophilic virus reveals a unique mechanism for oligomerization and ATP hydrolysis. 著者: Xu, R.G. / Jenkins, H.T. / Antson, A.A. / Greive, S.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oea.cif.gz | 489.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5oea.ent.gz | 398 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oea.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5oea_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5oea_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5oea_validation.xml.gz | 78.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5oea_validation.cif.gz | 107.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/5oea | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49022.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deep-sea thermophilic phage D6E (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5DV50 #2: 化合物 | ChemComp-AGS / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M Ammonium Sulafte, 0.1 M HEPES pH 8.0 / PH範囲: 6.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月4日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→45.9 Å / Num. obs: 59382 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 6.3 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 24.354 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.462 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.15 Å2 / Biso mean: 79.046 Å2 / Biso min: 33.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→45.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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