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- PDB-5oe5: Crystal structure of the N-terminal domain of PqsA in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oe5
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of PqsA in complex with anthraniloyl-AMP (crystal form 3)
要素Anthranilate--CoA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / PQS / PqsA / Anthranilate (アントラニル酸) / Anthraniloyl-AMP / Anthraniloyl-CoA / Pseudomonas Quinolone Signal / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Quorum Sensing (クオラムセンシング) / Aryl-CoA ligase / ANL superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate-CoA ligase / acid-thiol ligase activity / anthranilate-CoA ligase activity / secondary metabolite biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UK / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Anthranilate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Witzgall, F. / Ewert, W. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structures of the N-Terminal Domain of PqsA in Complex with Anthraniloyl- and 6-Fluoroanthraniloyl-AMP: Substrate Activation in Pseudomonas Quinolone Signal (PQS) Biosynthesis.
著者: Witzgall, F. / Ewert, W. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0744
ポリマ－44,3951
非ポリマー6793
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.700, 84.204, 64.237
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Anthranilate--CoA ligase


分子量: 44395.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pqsA, PA0996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X3, anthranilate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-3UK / 5'-O-[(S)-[(2-aminobenzoyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 466.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N6O8P
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM tri-sodium citrate (pH 6.3), 240 mM ammonium acetate, 28.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→47.24 Å / Num. obs: 39169 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 18.34 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.193 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.74-1.7712.41.3710.6170.4031.4398.7
9.04-47.24110.0720.9980.0220.07699.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12rc2_2821精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→47.236 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 1885 4.82 %
Rwork0.2279 --
obs0.2302 39133 99.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 88.88 Å2 / Biso mean: 27.252 Å2 / Biso min: 7.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→47.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 85 329 3408
Biso mean--24.82 29.05 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4894400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1851949
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7401-1.78710.40471500.34442796294698
1.7871-1.83970.36611470.34682755290298
1.8397-1.89910.35371500.32062811296199
1.8991-1.9670.34331430.30242800294398
1.967-2.04580.2971610.29092821298299
2.0458-2.13890.31581590.26452815297499
2.1389-2.25160.31081090.25862889299899
2.2516-2.39270.2911570.2492841299899
2.3927-2.57740.28351310.23772881301299
2.5774-2.83680.31791520.235228613013100
2.8368-3.24720.28711540.209729233077100
3.2472-4.09070.20951430.172429473090100
4.0907-47.25320.19251290.172931083237100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82320.08840.03481.5145-0.05730.9474-0.0111-0.08840.0408-0.00920.0243-0.0828-0.20490.1733-0.00750.1768-0.02390.01040.1347-0.03760.18333.489118.8582-6.4466
22.6711-0.79170.6243.3683-0.18181.86370.10110.08370.0305-0.2676-0.0183-0.06030.052-0.0367-0.09240.0886-0.01130.010.072-0.04050.1323-7.234913.3694-18.0217
31.8327-0.0221-0.3471.31420.08281.17090.07080.1960.1644-0.06640.0697-0.0142-0.1457-0.13320.00750.14630.02580.02650.12320.03860.1324-18.922923.0584-18.5857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 155 )A2 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 156 through 189 )A156 - 189
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 399 )A190 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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