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- PDB-5oe4: Crystal structure of the N-terminal domain of PqsA in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oe4
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of PqsA in complex with anthraniloyl-AMP (crystal form 2)
要素Anthranilate--CoA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / PQS / PqsA / Anthranilate (アントラニル酸) / Anthraniloyl-AMP / Anthraniloyl-CoA / Pseudomonas Quinolone Signal / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Quorum Sensing (クオラムセンシング) / Aryl-CoA ligase / ANL superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate-CoA ligase / acid-thiol ligase activity / anthranilate-CoA ligase activity / secondary metabolite biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3UK / Anthranilate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.904 Å
データ登録者Witzgall, F. / Ewert, W. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2017
タイトル: Structures of the N-Terminal Domain of PqsA in Complex with Anthraniloyl- and 6-Fluoroanthraniloyl-AMP: Substrate Activation in Pseudomonas Quinolone Signal (PQS) Biosynthesis.
著者: Witzgall, F. / Ewert, W. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate--CoA ligase
B: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7234
ポリマ－88,7902
非ポリマー9332
水12,773709
1
A: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8622
ポリマ－44,3951
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Anthranilate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8622
ポリマ－44,3951
非ポリマー4661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.798, 71.966, 84.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...
21(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPHEPHE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA2 - 122 - 12
12LEULEUPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA14 - 1814 - 18
13THRTHRPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA20 - 6420 - 64
14LEULEUPROPRO(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA66 - 8566 - 85
15SERSERSERSER(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA8787
16GLUGLUALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA89 - 9189 - 91
17ALAALACYSCYS(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA93 - 9993 - 99
18ALAALAARGARG(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA101 - 106101 - 106
19PROPROHISHIS(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA119 - 151119 - 151
110GLNGLNALAALA(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA153 - 158153 - 158
111PHEPHETHRTHR(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA160 - 164160 - 164
112PROPROASPASP(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA171 - 199171 - 199
113LEULEUPHEPHE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA201 - 208201 - 208
114GLYGLYTHRTHR(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA210 - 232210 - 232
115PROPROPHEPHE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA234 - 246234 - 246
116PROPROGLUGLU(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA248 - 296248 - 296
117CYSCYSGLYGLY(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA298 - 346298 - 346
118GLNGLNSERSER(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA348 - 366348 - 366
119GLUGLUPHEPHE(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA368 - 384368 - 384
120ARGARGASPASP(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA386 - 387386 - 387
121SERSERGLUGLU(chain A and (resid 2 through 12 or resid 14...AA389 - 398389 - 398
21SERSERPHEPHE(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB2 - 122 - 12
22LEULEUPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB14 - 1814 - 18
23THRTHRPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB20 - 6420 - 64
24LEULEUPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB66 - 8566 - 85
25SERSERSERSER(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB8787
26GLUGLUALAALA(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB89 - 9189 - 91
27ALAALACYSCYS(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB93 - 9993 - 99
28ALAALAARGARG(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB101 - 106101 - 106
29PROPROPROPRO(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB111111
210LEULEUHISHIS(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB120 - 151120 - 151
211GLNGLNALAALA(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB153 - 158153 - 158
212PHEPHEASPASP(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB160 - 199160 - 199
213LEULEUPHEPHE(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB201 - 208201 - 208
214GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB210 - 232210 - 232
215PROPROPHEPHE(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB234 - 246234 - 246
216PROPROGLUGLU(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB248 - 296248 - 296
217CYSCYSGLYGLY(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB298 - 346298 - 346
218GLNGLNSERSER(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB348 - 366348 - 366
219GLUGLUPHEPHE(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB368 - 384368 - 384
220ARGARGASPASP(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB386 - 387386 - 387
221SERSERGLUGLU(chain B and (resid 2 through 12 or resid 14...BB389 - 398389 - 398

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要素

#1: タンパク質 Anthranilate--CoA ligase


分子量: 44395.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: pqsA, PA0996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I4X3, anthranilate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-3UK / 5'-O-[(S)-[(2-aminobenzoyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine


分子量: 466.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N6O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 100 mM tri-sodium citrate (pH 5.8), 240 mM ammonium acetate, 22.5% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.355 Å / Num. obs: 65199 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 18.27 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.956.71.0610.7240.441.1599.9
8.93-42.356.90.0270.9990.0110.02999.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.31データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.12rc2_2821精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V7B

2v7b


解像度: 1.904→42.355 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.85
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 3151 4.84 %
Rwork0.2091 --
obs0.211 65168 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.37 Å2 / Biso mean: 27.8866 Å2 / Biso min: 8.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.904→42.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5934 0 102 709 6745
Biso mean--20 27.54 -
残基数----771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6328661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041934
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.783837
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4130X-RAY DIFFRACTION6.632TORSIONAL
12B4130X-RAY DIFFRACTION6.632TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.904-1.93240.32391290.31226792808
1.9324-1.96260.32311150.290327292844
1.9626-1.99480.3121510.281526682819
1.9948-2.02920.31491490.275526332782
2.0292-2.06610.27571280.261227212849
2.0661-2.10580.2971300.263126962826
2.1058-2.14880.29451340.245926472781
2.1488-2.19550.27231400.253626862826
2.1955-2.24660.29791330.24626992832
2.2466-2.30280.31591470.257126612808
2.3028-2.3650.28391410.235327142855
2.365-2.43460.26951570.218126342791
2.4346-2.51320.24511480.210526832831
2.5132-2.6030.24681520.213926922844
2.603-2.70720.28641380.213826862824
2.7072-2.83040.23951480.219526832831
2.8304-2.97960.29621250.203627042829
2.9796-3.16620.25121430.206927032846
3.1662-3.41060.241340.188227182852
3.4106-3.75360.23411360.176726952831
3.7536-4.29630.18681010.167127632864
4.2963-5.41110.16691250.141327372862
5.4111-42.36540.19981470.189227862933
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1407-0.1842-0.11060.26920.15950.13280.1452-0.01970.0139-0.21160.0164-0.2169-0.0031-0.0620.08860.2615-0.08980.07020.15290.02390.168218.770229.57283.5462
20.07890.0146-0.02730.0086-0.00850.0586-0.05260.039-0.0091-0.14790.0187-0.1356-0.04280.0411-0.25710.3655-0.04020.11080.11240.04970.156510.474134.4220.3169
30.2372-0.1658-0.11950.41080.02880.2234-0.0040.10240.0643-0.0768-0.08930.2433-0.0615-0.1532-0.12370.2615-0.00070.04170.1683-0.00490.1476-1.212726.084.9706
40.2166-0.0698-0.06460.3190.06020.1966-0.00770.00980.0042-0.0141-0.0136-0.1739-0.11360.0677-0.0150.1626-0.02630.01470.14030.0170.149614.760320.24879.7051
50.10980.20080.0640.4512-0.00960.3163-0.09350.1801-0.1118-0.39490.1468-0.29340.02690.06720.08270.2994-0.03650.12720.1768-0.02820.171417.00837.513-4.7052
60.29930.1695-0.03650.2218-0.04520.01030.0108-0.0972-0.1935-0.00910.0655-0.09360.0702-0.02110.27860.07150.0199-0.03170.15770.01280.221322.07014.28379.4839
70.2107-0.14420.01160.80670.26430.14570.0306-0.1721-0.16180.4886-0.048-0.05130.1348-0.0866-0.1610.2299-0.0154-0.06040.16140.0680.232416.40961.675921.5347
80.2925-0.0959-0.20950.45260.18960.2212-0.00910.0365-0.15840.1367-0.00720.12420.0103-0.1109-0.00150.26040.00570.07030.14160.01130.145625.135822.8698-36.6682
90.3785-0.11060.11520.8876-0.25070.2389-0.0893-0.07620.01320.35660.0987-0.0026-0.0744-0.0330.02930.24940.02620.02020.14190.00750.126330.843138.8892-25.2957
100.2413-0.0512-0.05420.88920.31680.3964-0.01260.14630.1701-0.2348-0.0159-0.3167-0.24280.06830.02080.148-0.0386-0.00430.13810.01880.22546.149948.9856-37.5327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 27 )A2 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 48 )A28 - 48
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 145 )A49 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 146 through 209 )A146 - 209
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 210 through 302 )A210 - 302
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 303 through 322 )A303 - 322
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 323 through 398 )A323 - 398
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 145 )B2 - 145
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 146 through 322 )B146 - 322
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 323 through 398 )B323 - 398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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