+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oac | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | FLiP major capsid protein | ||||||
要素 | Major capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS / capsid / major capsid protein / virion | ||||||
機能・相同性 | Major capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | unidentified phage (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | De Colibus, L. / Stuart, D.I. / Huiskonen, J.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Virus found in a boreal lake links ssDNA and dsDNA viruses. 著者: Elina Laanto / Sari Mäntynen / Luigi De Colibus / Jenni Marjakangas / Ashley Gillum / David I Stuart / Janne J Ravantti / Juha T Huiskonen / Lotta-Riina Sundberg / 要旨: Viruses have impacted the biosphere in numerous ways since the dawn of life. However, the evolution, genetic, structural, and taxonomic diversity of viruses remain poorly understood, in part because ...Viruses have impacted the biosphere in numerous ways since the dawn of life. However, the evolution, genetic, structural, and taxonomic diversity of viruses remain poorly understood, in part because sparse sampling of the virosphere has concentrated mostly on exploring the abundance and diversity of dsDNA viruses. Furthermore, viral genomes are highly diverse, and using only the current sequence-based methods for classifying viruses and studying their phylogeny is complicated. Here we describe a virus, FLiP (-infecting, lipid-containing phage), with a circular ssDNA genome and an internal lipid membrane enclosed in the icosahedral capsid. The 9,174-nt-long genome showed limited sequence similarity to other known viruses. The genetic data imply that this virus might use replication mechanisms similar to those found in other ssDNA replicons. However, the structure of the viral major capsid protein, elucidated at near-atomic resolution using cryo-electron microscopy, is strikingly similar to that observed in dsDNA viruses of the PRD1-adenovirus lineage, characterized by a major capsid protein bearing two β-barrels. The strong similarity between FLiP and another member of the structural lineage, bacteriophage PM2, extends to the capsid organization (pseudo = 21 ) despite the difference in the genetic material packaged and the lack of significant sequence similarity. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5oac.cif.gz | 518.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5oac.ent.gz | 445.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5oac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5oac_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5oac_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5oac_validation.xml.gz | 105.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5oac_validation.cif.gz | 154.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oac | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34533.934 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) unidentified phage (ファージ) / 参照: UniProt: A0A2D0TC94*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: unidentified phage / タイプ: VIRUS 詳細: Flavobacterium infecting lipid-containing phage FLiP Entity ID: all / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: unidentified phage (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Flavobacterium / 株: sp B330 |
ウイルス殻 | 名称: Capsid / 直径: 550 nm / 三角数 (T数): 25 |
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 20 mM PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 160000 X / 倍率(補正後): 37037 X / Calibrated defocus min: 700 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 22 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 22 / 利用したフレーム数/画像: 1-22 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 934 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 84.31 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|