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- PDB-5o80: Crystal Structure of R67A Mutant of alpha-L-arabinofuranosidase A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o80
タイトルCrystal Structure of R67A Mutant of alpha-L-arabinofuranosidase Ara51 from Clostridium thermocellum in complex with L-Arabinofuranose
要素Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / arabinofuranose / thioligase
機能・相同性
機能・相同性情報


arabinan catabolic process / L-arabinose metabolic process / non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase / alpha-L-arabinofuranosidase activity / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like ...Alpha-L-arabinofuranosidase, C-terminal / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminal domain / Alpha-L-arabinofuranosidase C-terminus / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-arabinofuranose / 1,4-ジオキサン / Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.915 Å
データ登録者Lafite, P. / Daniellou, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be announced
著者: Pennec, A. / Lafite, P. / Ferrieres, V. / Daniellou, R.
履歴
登録2017年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
B: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
C: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
D: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
E: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
F: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,00918
ポリマ－344,5806
非ポリマー1,42912
水21612
1
A: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
C: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
D: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0059
ポリマ－172,2903
非ポリマー7156
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area52020 Å2
手法PISA
2
B: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
E: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
F: Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,0059
ポリマ－172,2903
非ポリマー7156
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area51920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.740, 173.740, 271.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Intracellular exo-alpha-(1->5)-L-arabinofuranosidase / ABF / Intracellular arabinan exo-alpha-(1->5)-L-arabinosidase / Arabinosidase


分子量: 57429.969 Da / 分子数: 6 / 変異: R67A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
遺伝子: Cthe_2548 / プラスミド: pET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A3DIH0, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase
#2: 糖
ChemComp-AHR / alpha-L-arabinofuranose / alpha-L-arabinose / L-arabinose / arabinose / α-L-アラビノフラノ-ス / アラビノース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
LArafaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-arabinofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-ArafIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
AraSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1-4 dioxane, Na Cacodylate pH 6.5, sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→48.76 Å / Num. obs: 90750 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.266 % / Biso Wilson estimate: 63.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 16.35
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.91-3.0911.470.6163.87143340.9070.64599.2
3.09-3.311.1930.3356.87136060.9680.351100
3.3-3.5711.6110.20411.12127230.9870.214100
3.57-3.9111.2450.13416.22117080.9940.141100
3.91-4.3611.2350.09921.51106760.9960.104100
4.36-5.0311.5070.08326.494500.9970.087100
5.03-6.1411.080.08525.0980740.9960.089100
6.14-8.6210.90.07328.8663820.9970.077100
8.62-48.7610.160.0636.1437960.9980.06499.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.18 Å48.76 Å
Translation5.18 Å48.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C7F

2c7f


解像度: 2.915→48.76 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 4535 5 %
Rwork0.179 --
obs0.1824 90707 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 278.28 Å2 / Biso mean: 58.2049 Å2 / Biso min: 20.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.915→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23797 0 96 12 23905
Biso mean--61.41 46.21 -
残基数----2976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00924487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18433165
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0613582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074280
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.59619447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9148-2.9480.36531450.28842751289696
2.948-2.98260.33041490.258928332982100
2.9826-3.0190.32061480.243728152963100
3.019-3.05720.33941500.2328452995100
3.0572-3.09740.31171500.23328513001100
3.0974-3.13990.30241480.225428222970100
3.1399-3.18470.32491500.218728352985100
3.1847-3.23220.31271500.226928462996100
3.2322-3.28270.28771490.21828392988100
3.2827-3.33650.30171490.214528362985100
3.3365-3.39410.31191500.202228442994100
3.3941-3.45580.27971500.195328553005100
3.4558-3.52220.28031500.19628563006100
3.5222-3.59410.29841500.196728422992100
3.5941-3.67220.28851510.187328693020100
3.6722-3.75760.25621500.168228462996100
3.7576-3.85150.21391510.170828793030100
3.8515-3.95560.24651500.165528503000100
3.9556-4.0720.22531510.16428543005100
4.072-4.20330.22551500.152828593009100
4.2033-4.35350.21741530.151529133066100
4.3535-4.52770.21411510.142328603011100
4.5277-4.73360.18221520.146928953047100
4.7336-4.98290.22561520.152728883040100
4.9829-5.29470.23881530.156728933046100
5.2947-5.7030.2211530.165829163069100
5.703-6.27580.24571540.176629243078100
6.2758-7.18150.23861560.1829603116100
7.1815-9.03850.17781570.148629883145100
9.0385-48.76680.22751630.19873108327199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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