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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nu9 | ||||||
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タイトル | Structure of human amniotic fluid RBP4 saturated with palmitate | ||||||
要素 | Retinol-binding protein 4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / RBP4 / plasma retinol-binding protein / lipocalin / palmitate (パルミチン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation ...Retinoid metabolism disease events / urinary bladder development / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / retinol transport / female genitalia morphogenesis / retinol transmembrane transporter activity / embryonic organ morphogenesis / maintenance of gastrointestinal epithelium / embryonic skeletal system development / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / eye development / heart trabecula formation / cardiac muscle tissue development / retinal binding / retinol metabolic process / retinol binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / uterus development / vagina development / positive regulation of immunoglobulin production / response to retinoic acid / Retinoid metabolism and transport / 視覚 / 糖新生 / lung development / positive regulation of insulin secretion / glucose homeostasis / heart development / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Perduca, M. / Monaco, H.L. / Galliano, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2018 タイトル: Human plasma retinol-binding protein (RBP4) is also a fatty acid-binding protein. 著者: Perduca, M. / Nicolis, S. / Mannucci, B. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nu9.cif.gz | 90.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nu9.ent.gz | 68.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nu9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/5nu9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20984.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02753 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-PLM / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4.3 M NaCl, 100 mM Hepes, pH 7.5 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→56.53 Å / Num. obs: 43348 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 94.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5NU6 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.059
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.771 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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