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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nse | ||||||
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タイトル | BOVINE ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE, H4B-FREE, HYDROXY-ARG COMPLEX | ||||||
要素 | PROTEIN (NITRIC OXIDE SYNTHASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE SYNTHASE / HEME PROTEIN / TETRAHYDROBIOPTERIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / mitochondrion organization / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / cytoskeleton / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structures of the Heme Domain of Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Complexed with Arginine Analogues 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998 タイトル: Crystal Structure of Constitutive Endothelial Nitric Oxide: A Paradigm for Pterin Function Involving a Novel Metal Center 著者: Raman, C.S. / Li, H. / Martasek, P. / Kral, V. / Masters, B.S.S. / Poulos, T.L. #2: ジャーナル: Science / 年: 1998 タイトル: Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Dimer with Pterin and Substrate 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Ghosh, D.K. / Wu, C. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. #3: ジャーナル: Science / 年: 1997 タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complex 著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nse.cif.gz | 191.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5nse.ent.gz | 150 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5nse_validation.pdf.gz | 585.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5nse_full_validation.pdf.gz | 595.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5nse_validation.xml.gz | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5nse_validation.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/5nse | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.290062, -0.9358, 0.200355), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: ENDOTHELIAL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 7種, 486分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 76092 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.477 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
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