PDB-5mvi: Crystal structure of 2-methylcitrate dehydratase (PrpD) from Salm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mvi

タイトル

Crystal structure of 2-methylcitrate dehydratase (PrpD) from Salmonella enterica

要素

2-methylcitrate dehydratase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

DEHYDRATASE (脱水酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

2-methylcitrate dehydratase /

: /

2-methylcitrate dehydratase activity /

アコニターゼ / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / propionate metabolic process, methylcitrate cycle /

aconitate hydratase activity /

クエン酸回路 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Race, P.R. / Baker, G.E.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 2-methylcitrate dehydratase (PrpD) from Salmonella enterica
著者: Race, P.R. / Baker, G.E.

履歴

登録	2017年1月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mvi.cif.gz	372.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mvi.ent.gz	291 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6bq6-d 1of8-d 5mrj-d 6bq2-d 5c4f-1 6bq5-d 6bq4-d 3bmx-1 6bq3-d 3d3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

E: 2-methylcitrate dehydratase

D: 2-methylcitrate dehydratase

A: 2-methylcitrate dehydratase

B: 2-methylcitrate dehydratase

C: 2-methylcitrate dehydratase

F: 2-methylcitrate dehydratase

323 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: 2-methylcitrate dehydratase

F: 2-methylcitrate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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2

D: 2-methylcitrate dehydratase

C: 2-methylcitrate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
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3

A: 2-methylcitrate dehydratase

B: 2-methylcitrate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.662, 139.662, 513.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	E	A	11 - 482	11 - 482
2	1	VAL	VAL	D	B	11 - 482	11 - 482
1	2	TYR	TYR	E	A	11 - 481	11 - 481
2	2	PHE	PHE	A	C	11 - 358	11 - 358
1	3	VAL	VAL	E	A	11 - 482	11 - 482
2	3	VAL	VAL	B	D	11 - 482	11 - 482
1	4	VAL	VAL	E	A	11 - 482	11 - 482
2	4	VAL	VAL	C	E	11 - 482	11 - 482
1	5	VAL	VAL	E	A	11 - 482	11 - 482
2	5	VAL	VAL	F	F	11 - 482	11 - 482
1	6	TYR	TYR	D	B	11 - 481	11 - 481
2	6	PHE	PHE	A	C	11 - 358	11 - 358
1	7	VAL	VAL	D	B	11 - 482	11 - 482
2	7	VAL	VAL	B	D	11 - 482	11 - 482
1	8	VAL	VAL	D	B	11 - 482	11 - 482
2	8	VAL	VAL	C	E	11 - 482	11 - 482
1	9	VAL	VAL	D	B	11 - 482	11 - 482
2	9	VAL	VAL	F	F	11 - 482	11 - 482
1	10	PHE	PHE	A	C	11 - 358	11 - 358
2	10	TYR	TYR	B	D	11 - 481	11 - 481
1	11	PHE	PHE	A	C	11 - 358	11 - 358
2	11	TYR	TYR	C	E	11 - 481	11 - 481
1	12	PHE	PHE	A	C	11 - 358	11 - 358
2	12	TYR	TYR	F	F	11 - 481	11 - 481
1	13	VAL	VAL	B	D	11 - 482	11 - 482
2	13	VAL	VAL	C	E	11 - 482	11 - 482
1	14	VAL	VAL	B	D	11 - 482	11 - 482
2	14	VAL	VAL	F	F	11 - 482	11 - 482
1	15	VAL	VAL	C	E	11 - 482	11 - 482
2	15	VAL	VAL	F	F	11 - 482	11 - 482

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	2-methylcitrate dehydratase / 分子量: 53758.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: prpD, AEV26_14870 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0L5RC52, UniProt: Q8Z903*PLUS, 2-methylcitrate dehydratase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Sodium fluoride 20% w/vPEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.532
1	1	K, H, -L	2	0.468

反射

解像度: 3.05→39.14 Å / Num. obs: 70843 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9 % / Net I/σ(I): 5.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3.05→39.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.798 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.758 / SU B: 9.6 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2387	3483	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21313	-	-	-
obs	0.21437	67359	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.05→39.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15106	0	0	0	15106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	15410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	13757
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.419	1.945	20932
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	3	31425
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.118	5	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.402	23.577	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.447	15	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.954	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	17960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	0.889	8524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.967	0.889	8523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.689	1.33	10634
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.688	1.33	10635
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.847	0.951	6886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.847	0.951	6887
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.463	1.405	10299
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.889	6.925	16900
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.888	6.925	16901
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	E	15604	0.06
1	2	D	15604	0.06
2	1	E	13589	0.09
2	2	A	13589	0.09
3	1	E	15398	0.06
3	2	B	15398	0.06
4	1	E	15453	0.07
4	2	C	15453	0.07
5	1	E	15709	0.06
5	2	F	15709	0.06
6	1	D	14066	0.09
6	2	A	14066	0.09
7	1	D	15595	0.06
7	2	B	15595	0.06
8	1	D	15661	0.07
8	2	C	15661	0.07
9	1	D	15840	0.06
9	2	F	15840	0.06
10	1	A	13847	0.09
10	2	B	13847	0.09
11	1	A	14037	0.09
11	2	C	14037	0.09
12	1	A	13895	0.09
12	2	F	13895	0.09
13	1	B	15522	0.06
13	2	C	15522	0.06
14	1	B	15488	0.06
14	2	F	15488	0.06
15	1	C	15772	0.06
15	2	F	15772	0.06

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	261	-
R_work	0.276	4954	-
obs	-	-	99.41 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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