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- PDB-5mmh: The X-Ray Structure of the Effector Domain of the Transcriptional... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmh
タイトルThe X-Ray Structure of the Effector Domain of the Transcriptional Regulator AmpR of Pseudomonas aeruginosa
要素HTH-type transcriptional activator AmpR
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Muropeptide Binding / Effector Domain of the Transcriptional Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secondary metabolite biosynthetic process / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / positive regulation of proteolysis / positive regulation of protein secretion / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / 細胞質
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional activator AmpR, PBP2 / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...HTH-type transcriptional activator AmpR, PBP2 / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional activator AmpR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hermoso, J.A. / Dominguez gil Velasco, T.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Muropeptide Binding and the X-ray Structure of the Effector Domain of the Transcriptional Regulator AmpR of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Dik, D.A. / Dominguez-Gil, T. / Lee, M. / Hesek, D. / Byun, B. / Fishovitz, J. / Boggess, B. / Hellman, L.M. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2016年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22018年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional activator AmpR
B: HTH-type transcriptional activator AmpR
C: HTH-type transcriptional activator AmpR
D: HTH-type transcriptional activator AmpR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6884
ポリマ－98,6884
非ポリマー00
水9,116506
1
B: HTH-type transcriptional activator AmpR

A: HTH-type transcriptional activator AmpR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3442
ポリマ－49,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_454-x-1/2,y+1/2,-z-1/21
2
D: HTH-type transcriptional activator AmpR

C: HTH-type transcriptional activator AmpR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3442
ポリマ－49,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-x+1/2,y+1/2,-z-1/21
3
A: HTH-type transcriptional activator AmpR

B: HTH-type transcriptional activator AmpR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3442
ポリマ－49,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_444-x-1/2,y-1/2,-z-1/21
Buried area2460 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17910 Å2
手法PISA
4
C: HTH-type transcriptional activator AmpR

D: HTH-type transcriptional activator AmpR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3442
ポリマ－49,3442
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544-x+1/2,y-1/2,-z-1/21
Buried area2300 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.725, 71.000, 124.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional activator AmpR


分子量: 24672.098 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 84-296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: ampR, PA4109 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P24734
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: : 100 mM Tris pH 8.5, supplemented with 8% PEG 4000 and 800 mM LiCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→35.5 Å / Num. obs: 43111 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 10.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→35.377 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 2278 5.29 %
Rwork0.1937 --
obs0.1963 43023 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6280 0 0 506 6786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096471
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.058815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8263781
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24780.29641450.25672505X-RAY DIFFRACTION98
2.2478-2.30010.3881440.28022534X-RAY DIFFRACTION98
2.3001-2.35760.27891230.24382530X-RAY DIFFRACTION99
2.3576-2.42140.31961320.23882572X-RAY DIFFRACTION99
2.4214-2.49260.32311350.22782536X-RAY DIFFRACTION99
2.4926-2.5730.26181620.22192510X-RAY DIFFRACTION99
2.573-2.6650.31211280.21542545X-RAY DIFFRACTION98
2.665-2.77160.29751430.21222530X-RAY DIFFRACTION98
2.7716-2.89770.2911310.22192547X-RAY DIFFRACTION98
2.8977-3.05040.26241420.20512556X-RAY DIFFRACTION99
3.0504-3.24140.2521500.19732522X-RAY DIFFRACTION99
3.2414-3.49150.24861510.17722563X-RAY DIFFRACTION99
3.4915-3.84240.22911420.17072515X-RAY DIFFRACTION98
3.8424-4.39760.17981480.15592569X-RAY DIFFRACTION99
4.3976-5.5370.17081710.15152568X-RAY DIFFRACTION99
5.537-35.3820.18051310.17472643X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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