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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5m5h | |||||||||
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タイトル | RIBOSOME-BOUND YIDC INSERTASE | |||||||||
要素 | Membrane protein insertase YidC生体膜 | |||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / membrane protein (膜タンパク質) / nanodisc / ribosome ligand | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / protein insertion into membrane / protein transport / フォールディング / protein-containing complex assembly / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kedrov, A. / Wickles, S. / Crevenna, A.H. / van der Sluis, E. / Buschauer, R. / Berninghausen, O. / Lamb, D.C. / Beckmann, R. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016 タイトル: Structural Dynamics of the YidC:Ribosome Complex during Membrane Protein Biogenesis. 著者: Alexej Kedrov / Stephan Wickles / Alvaro H Crevenna / Eli O van der Sluis / Robert Buschauer / Otto Berninghausen / Don C Lamb / Roland Beckmann / 要旨: Members of the YidC/Oxa1/Alb3 family universally facilitate membrane protein biogenesis, via mechanisms that have thus far remained unclear. Here, we investigated two crucial functional aspects: the ...Members of the YidC/Oxa1/Alb3 family universally facilitate membrane protein biogenesis, via mechanisms that have thus far remained unclear. Here, we investigated two crucial functional aspects: the interaction of YidC with ribosome:nascent chain complexes (RNCs) and the structural dynamics of RNC-bound YidC in nanodiscs. We observed that a fully exposed nascent transmembrane domain (TMD) is required for high-affinity YidC:RNC interactions, while weaker binding may already occur at earlier stages of translation. YidC efficiently catalyzed the membrane insertion of nascent TMDs in both fluid and gel phase membranes. Cryo-electron microscopy and fluorescence analysis revealed a conformational change in YidC upon nascent chain insertion: the essential TMDs 2 and 3 of YidC were tilted, while the amphipathic helix EH1 relocated into the hydrophobic core of the membrane. We suggest that EH1 serves as a mechanical lever, facilitating a coordinated movement of YidC TMDs to trigger the release of nascent chains into the membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5m5h.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5m5h.ent.gz | 28.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5m5h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/5m5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/5m5h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61872.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: yidC, ECS88_4129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC7, UniProt: P25714*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribosome-bound YidC insertase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pTrc99A-YidC |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 27 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: CTFFIND / バージョン: 4 / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42658 / 対称性のタイプ: POINT |