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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lug | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Spindlin-2B protein in complex with ART(M3L)QTA(2MR)KS peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / SPINDLIN-2B (protein): PEPTIDE BINDING PROTEIN / SPINDLIN MEMBER 2B / SPIN2B / TUDOR DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamete generation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes ...gamete generation / Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / methylated histone binding / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 遺伝子発現 / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / regulation of cell cycle / cadherin binding / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / Talon, R. / Shrestha, L. / Kopec, J. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Srikannathasan, V. / Gileadi, C. / Talon, R. / Shrestha, L. / Kopec, J. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Huber, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of human Spindlin-2B protein in complex with ART(M3L)QTA(2MR)KS peptide 著者: Srikannathasan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lug.cif.gz | 373.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lug.ent.gz | 316.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5lug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/5lug | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25506.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ART(M3L)QTA(2MR)KS peptide / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN-2, hCG_1642309 / プラスミド: pNIC-CTHF 詳細 (発現宿主): C -terminal, TEV cleavable hexahistidine tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-Rosetta / 参照: UniProt: A0A024R9Y9, UniProt: Q9BPZ2*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1219.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ART(M3L)QTA(2MR)KS - co crystallised and no density for KS and 2MR show dual conformation. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68431*PLUS #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-2MR / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.11 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 107508 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 15448 / CC1/2: 0.88 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.623 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→19.902 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.32 詳細: initial refinement carried on REFMAC then later and final refinement done by PHENIX refinement; Protein residues do not have density: ESSESPPTEREPG Some residues side chain are removed due to ...詳細: initial refinement carried on REFMAC then later and final refinement done by PHENIX refinement; Protein residues do not have density: ESSESPPTEREPG Some residues side chain are removed due to lack of density.Some residues have dual conformation.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 111.32 Å2 / Biso mean: 23.8694 Å2 / Biso min: 10.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→19.902 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.7106 Å / Origin y: 4.9808 Å / Origin z: -17.6784 Å
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精密化 TLSグループ |
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