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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lrd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Glycogen Phosphorylase b in complex with KS242 | ||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, muscle formグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / alpha and beta protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kantsadi, A.L. / Leonidas, D.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017 タイトル: van der Waals interactions govern C-beta-d-glucopyranosyl triazoles' nM inhibitory potency in human liver glycogen phosphorylase. 著者: Kantsadi, A.L. / Stravodimos, G.A. / Kyriakis, E. / Chatzileontiadou, D.S.M. / Solovou, T.G.A. / Kun, S. / Bokor, E. / Somsak, L. / Leonidas, D.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lrd.cif.gz | 179.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lrd.ent.gz | 146.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lrd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97422.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: muscle骨格筋 参照: UniProt: P00489, グリコーゲンホスホリラーゼ | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-KS2 / ( | ||
#3: 化合物 | ChemComp-PLP / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.8 / 詳細: 10mM BES buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0403 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0403 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→38.37 Å / Num. obs: 88657 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→37.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.206 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.473 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.14 Å
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拘束条件 |
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