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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lrb | |||||||||
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タイトル | Plastidial phosphorylase from Barley in complex with acarbose | |||||||||
要素 | Alpha-1,4 glucan phosphorylase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Starch (デンプン) / phophorylase / plastidial | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / pyridoxal phosphate binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hordeum vulgare var. distichum (オオムギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Cuesta-Seijo, J.A. / Ruzanski, C. / Kruzewicz, K. / Palcic, M.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017 タイトル: Functional and structural characterization of plastidic starch phosphorylase during barley endosperm development. 著者: Cuesta-Seijo, J.A. / Ruzanski, C. / Krucewicz, K. / Meier, S. / Hagglund, P. / Svensson, B. / Palcic, M.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lrb.cif.gz | 689.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lrb.ent.gz | 569.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lrb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/5lrb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 69 - 968 / Label seq-ID: 27 - 926
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 106013.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hordeum vulgare var. distichum (オオムギ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: F2E0G2, グリコーゲンホスホリラーゼ #2: 多糖 | #3: 糖 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 30% PEG4000, 0.1M Nacitrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.95373 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 43219 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LR8 解像度: 2.9→48.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 45.193 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.414 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.706 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→48.92 Å
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拘束条件 |
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