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- PDB-5lon: Structure of /K. lactis/ Dcp1-Dcp2 decapping complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lon
タイトルStructure of /K. lactis/ Dcp1-Dcp2 decapping complex.
要素
  • KLLA0E01827p
  • KLLA0F23980p
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / RNA decay / multiprotein complex (タンパク質複合体)
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / intracellular organelle / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / enzyme activator activity / manganese ion binding / RNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) ...mRNA-decapping enzyme subunit 1 / Dcp1-like decapping family / mRNA decapping protein 2, Box A domain / mRNA decapping protein 2, Box A domain superfamily / mRNA decapping enzyme 2 , NUDIX hydrolase domain / Dcp2, box A domain / Dcp2, box A domain / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / NUDIX domain / PH-domain like / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0F23980p / KLLA0E01827p
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Charenton, C. / Taverniti, V. / Gaudon-Plesse, C. / Back, R. / Seraphin, B. / Graille, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-11-BSV800902 フランス
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of the active form of Dcp1-Dcp2 decapping enzyme bound to m(7)GDP and its Edc3 activator.
著者: Charenton, C. / Taverniti, V. / Gaudon-Plesse, C. / Back, R. / Seraphin, B. / Graille, M.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLLA0F23980p
B: KLLA0E01827p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5652
ポリマ－54,5652
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.685, 216.685, 216.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 KLLA0F23980p


分子量: 32634.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: KLLA0_F23980g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q6CIU1
#2: タンパク質 KLLA0E01827p


分子量: 21929.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
遺伝子: KLLA0_E01827g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon+ / 参照: UniProt: Q6CPV9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium sulfate ; 0.1M tri- sodium citrate pH 5.6 ; 15% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→48.45 Å / Num. obs: 11272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 78.7 % / Biso Wilson estimate: 114.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.257 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / 冗長度: 78.7 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC1/2: 0.442 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LOP

5lop


解像度: 3.5→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.577
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 543 4.82 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.253 11272 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 210.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3239 0 5 0 3244
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013319HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.184494HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1168SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes91HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes456HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3319HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion25.26
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion427SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3667SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 129 4.93 %
Rwork0.271 2486 -
all0.274 2615 -
obs--100 %
精密化 TLS

L22: 0 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2663-1.1656-1.192-0.13786.98050.094-0.0979-1.08850.1162-0.2764-0.05241.0885-0.44480.18240.4936-0.13740.304-0.3494-0.03190.6079-81.08215.4393-46.1654
21.3562.66671.8906-0.08790.69110.2649-0.2585-0.1227-0.0363-0.29340.2957-0.046-0.18380.02850.08730.01440.23950.08-0.0180.3755-57.310524.6888-39.3108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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