PDB-5lnp: Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5lnp

タイトル

Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from monomeric fraction

要素

(Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN /

Dishevelled (Dishevelled) /

DEP domain /

WNT signalling (Wntシグナル経路)

機能・相同性

機能・相同性情報

Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / planar cell polarity pathway involved in neural tube closure / cochlea morphogenesis / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of neuron projection arborization / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / clathrin-coated endocytic vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Renko, M. / Gammons, M.V. / Bienz, M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Wnt Signalosome Assembly by DEP Domain Swapping of Dishevelled.
著者: Gammons, M.V. / Renko, M. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Bienz, M.

履歴

登録	2016年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5lnp.ent.gz	128 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/5lnp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5suyC 5suzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5suy-d 3nas-d 5u06-d 1x2w-2 5hpt-3 2oct-1 6b3p-d 4x5r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
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類似性 (3)
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類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (2)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

ヘテロ分子

43.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.583, 60.181, 66.292
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 分子量: 10862.361 Da / 分子数: 3 / 断片: DEP domain, UNP residues 416-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL2 / プラスミド: pETM-41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14641
#2: タンパク質	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 分子量: 10846.361 Da / 分子数: 1 / 断片: DEP domain, UNP residues 416-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL2 / プラスミド: pETM-41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14641
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES, pH=6.5 0.1 M NaCl 0.1 M Li2SO4 23 % PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.533
1	1	-H, -K, H+L	2	0.467

反射

解像度: 1.99→42.02 Å / Num. obs: 29398 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.3

反射シェル

解像度: 1.99→2.06 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2884

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished model

解像度: 1.99→42.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 7.387 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.035 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24552	1561	5.3 %	RANDOM
R_work	0.19351	-	-	-
obs	0.1963	27828	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.28 Å²	0 Å²	8.21 Å²
2-	-	10.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-25.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.99→42.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2993	0	5	33	3031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3069
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	1.947	4149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.046	3	6682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.126	5	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.48	22.353	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.494	15	514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.241	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.491	2.685	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.484	2.684	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.36	4.016	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.36	4.017	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.506	2.933	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.496	2.929	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.372	4.311	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.973	21.331	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.972	21.331	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.989→2.04 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	102	-
R_work	0.21	1972	-
obs	-	-	97.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3864	0.6452	0.1467	0.2133	-0.1671	1.1288	0.0246	-0.0675	-0.1001	0.0331	-0.0351	-0.0245	-0.16	0.0488	0.0105	0.0722	-0.0018	-0.0754	0.0624	-0.0091	0.1103	-13.823	8.9248	-26.5264
2	1.4337	0.1369	-2.9738	1.298	-2.3531	9.5013	-0.0032	0.0523	0.0961	0.0091	0.0429	-0.0929	-0.0048	-0.1674	-0.0397	0.0131	-0.0176	-0.0262	0.0601	0.0138	0.0762	-2.3223	5.5171	-2.4539
3	1.6832	1.2261	0.4373	1.036	-0.1985	2.1768	-0.0502	0.1387	0.0785	0.0086	0.0158	0.0544	-0.1562	0.2005	0.0343	0.0448	-0.0404	-0.055	0.1437	0.0161	0.0927	15.1665	10.7338	11.8534
4	0.739	-0.3867	0.1951	1.6381	0.5399	0.3388	0.0089	0.117	-0.1381	-0.0977	0.0159	0.087	-0.0427	0.066	-0.0248	0.047	-0.0102	-0.0593	0.0853	-0.0083	0.1054	9.8754	2.414	5.732
5	1.2375	-1.0982	0.6984	1.5734	-0.2952	0.786	0.0257	0.0879	-0.1436	-0.0109	-0.0534	0.0486	-0.0875	0.0459	0.0276	0.0543	0.0012	-0.0792	0.0851	-0.0142	0.132	12.4387	8.6591	20.9895
6	0.7777	-0.3279	-1.8316	0.3138	0.1167	6.7695	0.0204	-0.0261	0.0436	-0.0152	0.0074	-0.0336	-0.0244	0.0816	-0.0278	0.0129	-0.0107	-0.0129	0.044	-0.0069	0.0697	-0.3274	6.5054	-1.4075
7	1.4161	-0.6789	0.9004	0.3502	-0.2454	2.3737	-0.0473	-0.2588	-0.0537	-0.0004	0.1001	0.0165	-0.2412	-0.1799	-0.0528	0.0703	0.03	-0.054	0.1249	0.0077	0.0863	-17.3223	8.9078	-17.7028
8	1.4603	-0.2112	0.627	2.1409	-1.2104	0.8646	0.0758	-0.3896	-0.2115	-0.0177	-0.0854	-0.1568	0.0305	-0.1009	0.0096	0.0462	0.0222	-0.0463	0.1577	0.0358	0.0881	-12.9782	3.6632	-13.1845
9	3.0295	-0.4612	-1.8522	0.7347	0.1925	1.1493	0.0001	0.065	0.0435	-0.067	0.0097	0.0142	0.0099	-0.0395	-0.0098	0.0415	-0.0025	-0.0342	0.094	0.0091	0.0932	-12.9666	20.7347	27.7721
10	0.1469	-0.1811	1.129	0.6482	-1.5472	8.7405	0.0001	0.0328	-0.0014	-0.0202	-0.0133	-0.0117	-0.0025	0.2314	0.0132	0.0143	0.0139	-0.0235	0.075	0.0064	0.0689	0.0525	23.3768	4.5751
11	1.6451	-0.3103	-1.7998	1.0107	0.6866	2.1776	-0.1501	-0.2943	-0.029	0.0374	0.0431	0.0024	0.2131	0.2836	0.107	0.0642	0.0034	0.008	0.1027	0.0084	0.1095	17.5069	18.5267	-11.4921
12	0.0376	-0.1406	-0.2004	1.8479	0.6253	1.5482	-0.0205	-0.0386	0.0218	0.0979	-0.0546	-0.0014	-0.0207	0.2098	0.0752	0.0453	0.0203	-0.0643	0.1296	-0.0161	0.1116	12.015	26.0306	-5.9496
13	2.9678	-0.1057	-1.6093	0.8173	0.4929	1.1414	-0.0275	-0.0209	-0.033	0.0494	-0.0465	-0	0.065	-0.0245	0.074	0.0634	-0.006	-0.0056	0.0724	-0.0007	0.1138	12.2126	20.111	-18.7769
14	1.1939	0.4343	-1.5083	0.3016	-0.4832	1.963	-0.207	0.0699	-0.2231	0.0244	-0.0326	-0.1597	0.3247	-0.0628	0.2395	0.1228	-0.0151	-0.0273	0.1302	0.0005	0.094	-8.7442	18.6244	16.2042
15	0.5531	0.2777	-1.1197	1.6101	-0.0755	2.4309	0.0147	0.1579	0.0369	-0.0339	-0.0076	0.1683	-0.0441	-0.3368	-0.007	0.0378	-0.012	-0.0617	0.1351	0.0299	0.1114	-16.8837	24.1871	15.8776
16	2.4966	-0.231	1.2477	1.2638	0.5796	1.5392	-0.061	0.2656	0.1401	-0.0293	-0.0377	0.0834	-0.0138	-0.0048	0.0988	0.0171	-0.0157	-0.0392	0.0895	0.0178	0.0975	-10.7612	26.3916	11.8202

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	415 - 441
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	442 - 449
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	450 - 488
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	489 - 508
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	415 - 439
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	440 - 449
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	450 - 493
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	494 - 508
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	415 - 439
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	440 - 449
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	450 - 490
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	491 - 509
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	415 - 442
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	443 - 471
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	472 - 492
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	493 - 507

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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