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万見
- PDB-5liu: Crystal structure of human AKR1B10 complexed with NADP+ and the i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5liu
タイトルCrystal structure of human AKR1B10 complexed with NADP+ and the inhibitor IDD388
要素Aldo-keto reductase family 1 member B10
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-beta TIM barrel / cytosol / aldo-keto reductase / halogenated ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


indanol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / cellular detoxification of aldehyde / aldo-keto reductase (NADPH) activity / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity ...indanol dehydrogenase activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / cellular detoxification of aldehyde / aldo-keto reductase (NADPH) activity / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / lysosome / mitochondrion / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-388 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member B10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cousido-Siah, A. / Ruiz, F.X. / Mitschler, A. / Fanfrlik, J. / Kamlar, M. / Vesely, J. / Hobza, P. / Podjarny, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: IDD388 Polyhalogenated Derivatives as Probes for an Improved Structure-Based Selectivity of AKR1B10 Inhibitors.
著者: Cousido-Siah, A. / Ruiz, F.X. / Fanfrlik, J. / Gimenez-Dejoz, J. / Mitschler, A. / Kamlar, M. / Vesely, J. / Ajani, H. / Pares, X. / Farres, J. / Hobza, P. / Podjarny, A.D.
履歴
登録2016年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Aldo-keto reductase family 1 member B10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6164
ポリマ－36,3941
非ポリマー1,2223
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.393, 79.393, 50.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member B10 / ARL-1 / Aldose reductase-like / Aldose reductase-related protein / hARP / Small intestine reductase ...ARL-1 / Aldose reductase-like / Aldose reductase-related protein / hARP / Small intestine reductase / SI reductase


分子量: 36394.035 Da / 分子数: 1 / 変異: K125R, V301L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1B10, AKR1B11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60218, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-388 / (2-{[(4-BROMO-2-FLUOROBENZYL)AMINO]CARBONYL}-5-CHLOROPHENOXY)ACETIC ACID / IDD388 / IDD-388


分子量: 416.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12BrClFNO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 30% PEG 6000, 100 mM sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 35928 / % possible obs: 88.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 15.36
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / % possible all: 61.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZUA

1zua


解像度: 1.75→25.987 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2525 1900 5.29 %Random 5%
Rwork0.2079 ---
obs0.2102 35928 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2569 0 76 170 2815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1473738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2021050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005466
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7457-1.78930.2571680.28272407X-RAY DIFFRACTION93
1.7893-1.83760.27071660.28052400X-RAY DIFFRACTION94
1.8376-1.89160.29371280.27132415X-RAY DIFFRACTION95
1.8916-1.95260.25151380.26012415X-RAY DIFFRACTION95
1.9526-2.02220.26851260.23692444X-RAY DIFFRACTION95
2.0222-2.1030.26451460.24942422X-RAY DIFFRACTION94
2.103-2.19850.25651560.23092409X-RAY DIFFRACTION94
2.1985-2.31410.29421260.24792417X-RAY DIFFRACTION95
2.3141-2.45860.31291340.24752437X-RAY DIFFRACTION95
2.4586-2.64770.30941040.23942456X-RAY DIFFRACTION96
2.6477-2.91280.31521200.22382442X-RAY DIFFRACTION95
2.9128-3.33110.24321300.20762449X-RAY DIFFRACTION95
3.3311-4.1850.23241280.16182409X-RAY DIFFRACTION95
4.185-16.25920.1971300.15342434X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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