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- PDB-5l14: The crystal structure of neuraminidase from A/Shanghai/2/2013 (H7... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l14
タイトルThe crystal structure of neuraminidase from A/Shanghai/2/2013 (H7N9) influenza virus
要素Neuraminidase
キーワードHYDROLASE / neuraminidase / H7N9
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yang, H. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J. Infect. Dis. / 年: 2017
タイトル: Drug Susceptibility Evaluation of an Influenza A(H7N9) Virus by Analyzing Recombinant Neuraminidase Proteins.
著者: Gubareva, L.V. / Sleeman, K. / Guo, Z. / Yang, H. / Hodges, E. / Davis, C.T. / Baranovich, T. / Stevens, J.
履歴
登録2016年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0764
ポリマ－44,2551
非ポリマー1,8213
水7,566420
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,30316
ポリマ－177,0214
非ポリマー7,28312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area24850 Å2
ΔGint70 kcal/mol
Surface area46330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.865, 181.865, 181.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-938-

HOH

21A-1008-

HOH

31A-1020-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 44255.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Shanghai/02/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/02/2013(H7N9) / 遺伝子: NA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NFR6, exo-alpha-sialidase
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, 25% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 40109 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 27.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WMJ

4wmj


解像度: 1.9→35.667 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1834 2016 5.03 %
Rwork0.167 --
obs0.1679 40105 99.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.667 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3055 0 120 420 3595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043289
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8784488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9371221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.26161580.24122636X-RAY DIFFRACTION98
1.9475-2.00020.23731350.24062662X-RAY DIFFRACTION98
2.0002-2.0590.24811330.20932667X-RAY DIFFRACTION99
2.059-2.12550.23611570.20432675X-RAY DIFFRACTION99
2.1255-2.20140.21161210.20552704X-RAY DIFFRACTION99
2.2014-2.28950.23841610.20082674X-RAY DIFFRACTION99
2.2895-2.39370.24171480.19542698X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.51990.2471370.18832691X-RAY DIFFRACTION99
2.5199-2.67770.22021420.19012732X-RAY DIFFRACTION99
2.6777-2.88440.19421330.18222718X-RAY DIFFRACTION99
2.8844-3.17450.18421500.1682737X-RAY DIFFRACTION99
3.1745-3.63350.16691310.14912770X-RAY DIFFRACTION99
3.6335-4.57630.13441550.12552778X-RAY DIFFRACTION99
4.5763-35.67290.13811550.14382947X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3348-0.0895-0.07330.06370.04870.0613-0.0107-0.0169-0.05260.0140.0731-0.0005-0.0668-0.018800.2264-0.00860.00480.20120.00310.23487.3375-21.7244-49.5646
20.14960.00820.07860.1217-0.09530.11960.03250.0494-0.04510.00170.0014-0.0130.0752-0.0993-00.2178-0.0002-0.00110.1986-0.00990.247511.0465-12.0738-55.1195
30.03740.04440.02530.05140.03050.042-0.11640.24230.0028-0.11910.1014-0.1717-0.00460.1383-00.2593-0.00040.02150.2454-0.01610.270518.1767-6.6279-69.4291
40.01470.0342-0.03260.0776-0.04690.10520.0083-0.02150.11760.0222-0.03940.03240.00120.0371-00.19750.0011-0.00480.2102-0.01230.250512.785-8.3369-53.0256
50.06930.05380.07910.06890.04040.10290.0451-0.03530.1222-0.01640.0624-0.0989-0.02860.00780.00010.22410.00910.00980.2007-0.00260.273625.9694-5.1633-49.5225
60.0539-0.03760.0380.08890.01510.05760.0068-0.0470.0480.02870.0534-0.05370.09850.06440.00020.24140.0127-0.00010.1995-0.00630.265928.2211-15.4076-49.3392
70.4921-0.07450.40320.1889-0.09060.32750.0683-0.0303-0.06550.0543-0.0208-0.15150.02350.026900.23390.0114-0.01030.1956-0.00030.285229.8543-23.3512-47.46
80.2706-0.13310.11620.3754-0.07930.05060.0060.0401-0.0509-0.04250.0115-0.10550.08320.023400.23060.02460.00840.1984-0.01320.280619.83-34.8672-57.668
90.44420.01030.13580.35080.17650.1220.02950.05-0.0211-0.06680.00250.0320.0657-0.0462-00.20450.0163-0.00050.1818-0.01060.232711.6577-20.8551-58.4992
100.2195-0.02960.06580.21030.05910.0358-0.01790.1062-0.08320.00490.0088-0.024-0.0127-0.0295-0.00010.21710.00420.00250.2319-0.01030.27184.4573-24.5234-63.0146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 83 through 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 136 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 137 through 157 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 158 through 190 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 218 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 219 through 246 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 247 through 318 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 319 through 411 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 412 through 440 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 441 through 470 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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