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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ksd | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of a Plasma Membrane Proton Pump | |||||||||
要素 | ATPase 2, plasma membrane-typeATPアーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / P-type ATPase Proton transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 P-type H+-exporting transporter / proton export across plasma membrane / P-type proton-exporting transporter activity / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Croll, T. / Pedersen, B.P. / Nissen, P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Physiol / 年: 2017 タイトル: Improved Model of Proton Pump Crystal Structure Obtained by Interactive Molecular Dynamics Flexible Fitting Expands the Mechanistic Model for Proton Translocation in P-Type ATPases. 著者: Focht, D. / Croll, T.I. / Pedersen, B.P. / Nissen, P. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2007 タイトル: Crystal structure of the plasma membrane proton pump. 著者: Pedersen, B.P. / Buch-Pedersen, M.J. / Morth, J.P. / Palmgren, M.G. / Nissen, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ksd.cif.gz | 683.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ksd.ent.gz | 566.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ksd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/5ksd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/5ksd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91309.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AHA2, At4g30190, F9N11.40 / プラスミド: PMP-652 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): RS-72 / 参照: UniProt: P19456, EC: 3.6.3.6 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.04 % 解説: Large crystals, often with a growth defect in the center. See Pedersen BP et al Nature 450 (2007) Supplementary Information for details and pictures. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 400, Sucrose, KCl, C12E8, Cymal-5, DDM, MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.007829 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月3日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.007829 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 49499 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 109.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 8.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.5→52.018 Å / SU ML: 0.68 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.36
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 323.23 Å2 / Biso mean: 139.6391 Å2 / Biso min: 59.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→52.018 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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