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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kmw | ||||||
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タイトル | TOHO1 Beta lactamase mutant E166A/R274N/R276N -benzyl penicillin complex | ||||||
要素 | Beta-lactamase Toho-1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Class A beta-lactamase / substrate recognition / acyl-enzyme (酵素反応) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Coates, L. / Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Cooper, J.B. / Ginell, S.L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: TOHO1 Beta lactamase mutant E166A/R274N/R276N -benzyl penicillin complex 著者: Coates, L. / Langan, P.S. / Vandavasi, V.G. / Weiss, K.L. / Cooper, J.B. / Ginell, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kmw.cif.gz | 136.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kmw.ent.gz | 110.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kmw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/5kmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/5kmw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27503.123 Da / 分子数: 1 / 変異: E165A, R271N, R273N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47066, Β-ラクタマーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-PNM / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: batch mode / pH: 6.1 詳細: 30 microliters of 10 mg/ml protein concentration was added to a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1). For ligand soaking, crystals were placed for 2-3 ...詳細: 30 microliters of 10 mg/ml protein concentration was added to a solution containing 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate (pH 6.1). For ligand soaking, crystals were placed for 2-3 h in a reservoir solution containing 2.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate (pH 6.1), and 5.0 mM benzyl penicillin. The crystals were then placed momentarily in a reservoir solution containing a cryoprotectant (30% w/v trehalose) and subsequently flash-frozen in liquid nitrogen |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 15 K Ambient temp details: Cryo industries of America cryocool Helium cryostream |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.67 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.67 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→38.62 Å / Num. obs: 118234 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→10 Å / Num. parameters: 23165 / Num. restraintsaints: 28142 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 19 / Occupancy sum non hydrogen: 2443.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.1→10 Å
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拘束条件 |
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