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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kdw | ||||||
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タイトル | IMPa metallopeptidase from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Metallopeptidase金属プロテアーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / O-glycopeptidase / PF13402/M60-like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of leukocyte tethering or rolling / protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / protein catabolic process / metallopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Noach, I. / Boraston, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Recognition of protein-linked glycans as a determinant of peptidase activity. 著者: Noach, I. / Ficko-Blean, E. / Pluvinage, B. / Stuart, C. / Jenkins, M.L. / Brochu, D. / Buenbrazo, N. / Wakarchuk, W. / Burke, J.E. / Gilbert, M. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kdw.cif.gz | 405.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kdw.ent.gz | 320.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kdw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/5kdw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96379.289 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 42-923 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA0572 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I5W4 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: PEG 3350, NaH2PO4, Bicine pH 9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→100.09 Å / Num. obs: 219649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5KDV 解像度: 1.85→100.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.564 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.172 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→100.09 Å
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拘束条件 |
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