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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jr0 | ||||||
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タイトル | Domain 4 Segment 6 of voltage-gated sodium channel Nav1.4 | ||||||
要素 | Sodium channel protein type 4 subunit alphaナトリウムチャネル | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / transmembrane (膜貫通型タンパク質) / alpha-helix (Αヘリックス) / protein fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of skeletal muscle contraction by action potential / choline transport / membrane depolarization during action potential / voltage-gated monoatomic ion channel activity / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / sodium ion transport / neuronal action potential / monoatomic cation transport ...regulation of skeletal muscle contraction by action potential / choline transport / membrane depolarization during action potential / voltage-gated monoatomic ion channel activity / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / sodium ion transport / neuronal action potential / monoatomic cation transport / sodium ion transmembrane transport / potassium ion transport / 神経繊維 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 個体NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Niitsu, A. / Egawa, A. / Ikeda, K. / Tachibana, K. / Fujiwara, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Veratridine binding to a transmembrane segment of mammalian sodium channel Nav1.4 determined by solid-state NMR 著者: Niitsu, A. / Egawa, A. / Ikeda, K. / Tachibana, K. / Fujiwara, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jr0.cif.gz | 125.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jr0.ent.gz | 106.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jr0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/5jr0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4033.070 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1567-1594 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P15390 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 個体NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0 Not defined / Label: condition_1 / pH: 7.4 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 213 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian Infinity Plus 700 / 製造業者: Varian / モデル: Infinity Plus 700 / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |