PDB-5jq4: Structure of a GNAT acetyltransferase SACOL1063 from Staphylococc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jq4

タイトル

Structure of a GNAT acetyltransferase SACOL1063 from Staphylococcus aureus

要素

Acetyltransferase SACOL1063

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

acetyltransferase / Gcn5-related N-acetyltransferase /

GNAT /

protein acetylation /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosamine 6-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups /

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Majorek, K.A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2016
タイトル: Insight into the 3D structure and substrate specificity of previously uncharacterized GNAT superfamily acetyltransferases from pathogenic bacteria.
著者: Majorek, K.A. / Osinski, T. / Tran, D.T. / Revilla, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Kuhn, M.L.

履歴

登録	2016年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年12月7日	Group: Other
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	5jphC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2rhd-d 4m91-d 5bob-3 3bfk-5 5zx8-d 2c24-2 5eg9-2 5wop-1 5c6h-2 2g0b-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00739

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyltransferase SACOL1063

B: Acetyltransferase SACOL1063

ヘテロ分子

34.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Acetyltransferase SACOL1063

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Acetyltransferase SACOL1063

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Acetyltransferase SACOL1063

B: Acetyltransferase SACOL1063

ヘテロ分子

A: Acetyltransferase SACOL1063

B: Acetyltransferase SACOL1063

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.453, 33.839, 67.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.510, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Acetyltransferase SACOL1063 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT 分子量: 17171.229 Da / 分子数: 2 / 変異: V28I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: SACOL1063 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5HH30, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#1: タンパク質

Acetyltransferase SACOL1063 / GCN5-related N-acetyltransferase / GNAT

分子量: 17171.229 Da / 分子数: 2 / 変異: V28I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: SACOL1063 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5HH30,

転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 218分子

#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate and 20% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97923 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 25666 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.1 / Net I/av σ(I): 26.061 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	4.1	0.666	2.1	1	100
1.83-1.86	4.1	0.552		1	100
1.86-1.9	4.2	0.436		1	100
1.9-1.94	4.2	0.367		1	100
1.94-1.98	4.1	0.3		1	100
1.98-2.03	4.2	0.269		1	100
2.03-2.08	4.2	0.22		1	100
2.08-2.13	4.2	0.181		1	100
2.13-2.2	4.2	0.177		1	99.9
2.2-2.27	4.2	0.152		1	100
2.27-2.35	4.2	0.144		1	100
2.35-2.44	4.2	0.129		1	100
2.44-2.55	4.2	0.119		1	100
2.55-2.69	4.2	0.115		1	100
2.69-2.86	4.2	0.107		1	100
2.86-3.08	4.2	0.101		1	100
3.08-3.39	4.1	0.084		1	100
3.39-3.88	4.1	0.067		1	99.9
3.88-4.88	4.1	0.065		1	99.8
4.88-50	4	0.089		1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 6.014 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.127
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2118	1309	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1801	-	-	-
obs	0.1819	24356	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.89 Å² / B_iso mean: 27.375 Å² / B_iso min: 9.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	-0.54 Å²
2-	-	1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	17	211	2521
B_iso mean	-	-	30.06	36.51	-
残基数	-	-	-	-	288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.796	1.976	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.003	3	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.789	5	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.673	24.836	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.414	15	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.796	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	347
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	563
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.557	0.718	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.535	0.713	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.936	1.067	1493

LS精密化シェル

解像度: 1.804→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	78	-
R_work	0.244	1609	-
all	-	1687	-
obs	-	-	90.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0441	-0.4944	-1.7927	2.5605	-1.2236	6.9731	-0.1591	-0.3341	-0.0469	0.1995	0.0927	-0.1632	0.4386	0.5711	0.0665	0.1576	0.0584	0.0137	0.2133	0.019	0.1048	18.064	-1.163	23.165
2	7.9269	-2.5834	6.9898	9.3277	0.7657	7.2855	0.3844	0.7022	-0.8685	0.1073	0.403	0.0444	0.3523	0.868	-0.7874	0.3443	-0.0472	-0.1282	0.1644	0.0187	0.5231	9.212	-11.684	25.871
3	4.1566	-0.0925	0.434	4.2334	0.8053	8.0788	0.0546	-0.1549	-0.1546	0.0022	-0.0826	-0.0834	0.2083	0.3231	0.0281	0.156	0.01	0.0248	0.1793	0.0274	0.1726	15.557	-0.271	20.264
4	1.8926	-0.1891	0.368	1.8083	0.0369	5.7556	0.0512	-0.1019	0.0166	0.0396	0.0048	0.0576	0.1212	-0.1332	-0.056	0.1855	-0.0209	0.0338	0.1953	0.0118	0.2141	7.451	2.924	18.89
5	2.9777	-0.0356	0.5934	2.6931	0.9597	5.3168	0.141	0.1998	0.3261	-0.0981	-0.0373	-0.0986	-0.2863	0.1044	-0.1038	0.2058	-0.0146	0.044	0.1367	0.0102	0.1947	9.677	9.385	11.534
6	2.8272	1.7211	-0.4667	2.489	0.1323	5.3479	-0.1094	-0.1812	0.0713	-0.0569	0.0434	-0.1621	-0.2418	-0.0611	0.066	0.154	-0.0071	-0.0094	0.1261	0.003	0.2095	-3.813	6.889	18.966
7	8.3202	1.7315	0.9302	8.9199	-1.0498	5.5132	0.179	-0.3261	-0.2449	0.4787	-0.3296	-0.3659	-0.08	0.3585	0.1506	0.1905	-0.0322	-0.0069	0.1353	0.0019	0.1945	-12.971	-2.908	14.997
8	14.5612	11.131	-3.6503	20.3314	-6.7087	7.8408	-0.061	0.6017	0.5542	-0.1744	0.3297	0.315	-0.3166	-0.3525	-0.2686	0.1903	0.0194	0.0149	0.1537	0.0003	0.2543	-0.572	8.152	10.683
9	1.1766	1.2221	0.0947	4.578	0.5143	1.5203	0.0094	0.0816	0.0473	-0.081	0.0315	-0.1314	-0.0528	-0.0505	-0.0409	0.1689	-0	0.0017	0.1188	-0.015	0.1934	-29.33	-6.965	-0.548
10	1.3276	-0.349	0.6253	1.9934	-0.1195	0.9038	0.038	0.0571	-0.1269	0.0617	-0.0207	-0.0706	0.1043	0.0883	-0.0172	0.1853	-0.0004	0.0045	0.0931	-0.0068	0.2019	-20.296	-10.735	6.548
11	3.1768	0.6699	-1.2863	2.2456	-0.5179	3.8958	0.0445	-0.0781	0.0722	0.1448	-0.0147	0.0709	-0.0171	-0.0385	-0.0299	0.1998	-0.0047	-0.0038	0.1151	-0.014	0.1931	-24.494	-3.193	11.691
12	8.3404	3.5913	-1.9419	2.9816	-1.8232	3.3104	0.0095	0.0369	0.1522	0.0793	0.0443	0.2168	-0.0774	-0.1699	-0.0537	0.2026	0.0052	0.0122	0.102	-0.006	0.2131	-31.988	2.154	10.167
13	2.8088	0.163	-0.3161	1.0949	-0.2092	0.4377	-0.0266	-0.0544	0.0784	0.0947	-0.0304	-0.032	-0.063	-0.0092	0.057	0.1975	-0.0061	0.0118	0.1198	-0.0039	0.159	-20.81	5.032	17.798
14	0.6319	-0.5869	2.5589	1.4233	-5.5804	22.1301	0.0221	-0.0071	0.0713	0.0384	-0.0579	0.0128	-0.177	0.3065	0.0357	0.2093	0.0016	0.0178	0.167	0.0072	0.2214	-25.049	5.567	28.364
15	11.3092	-0.292	-0.3772	18.6551	-2.393	11.3199	0.0738	-0.2402	-0.3303	-0.4228	0.1055	-0.012	1.4188	0.8276	-0.1794	0.2142	0.0951	-0.0313	0.172	0.0073	0.1514	-19.946	-4.266	35.701
16	17.8995	-5.8436	5.672	5.965	-2.6288	6.2836	-0.2133	-0.1242	0.3378	0.1158	0.1867	0.2272	-0.4631	-0.431	0.0265	0.2539	0.0254	0.0156	0.1218	0.0091	0.1853	-30.795	5.609	19.537

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	35 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	56 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	86 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	104 - 121
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	122 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	134 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	-2 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	11 - 53
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	54 - 81
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	82 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	101 - 117
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	118 - 126
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	127 - 133
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	134 - 143

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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