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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jk7 | ||||||
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タイトル | The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Viral protein/DNA BINDING PROTEIN (ウイルス性) / Cullin4-RING E3 ubiquitin ligase HIV-1 Vpr UNG2 / DNA BINDING PROTEIN-HYDROLASE complex / Viral protein-DNA BINDING PROTEIN complex (ウイルス性) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / V(D)J遺伝子再構成 / クラススイッチ ...histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / depyrimidination / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / V(D)J遺伝子再構成 / クラススイッチ / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / uracil DNA N-glycosylase activity / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / ribosomal small subunit binding / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / post-translational protein modification / monoatomic ion transmembrane transport / B cell differentiation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / virion component / proteasomal protein catabolic process / nuclear estrogen receptor binding / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / 塩基除去修復 / : / protein homooligomerization / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / 核小体 / Wntシグナル経路 / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / viral penetration into host nucleus / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / host extracellular space / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / protein ubiquitination / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / symbiont entry into host cell / リン酸化 / protein serine kinase activity / DNA修復 / DNA-templated transcription / apoptotic process / DNA damage response / host cell nucleus / protein-containing complex binding / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / ミトコンドリア / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.49 Å | ||||||
データ登録者 | Calero, G. / Ahn, J. / Wu, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: The DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 crystal structure reveals how HIV-1 Vpr steers human UNG2 toward destruction. 著者: Wu, Y. / Zhou, X. / Barnes, C.O. / DeLucia, M. / Cohen, A.E. / Gronenborn, A.M. / Ahn, J. / Calero, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jk7.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jk7.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jk7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jk7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 127097.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q16531 #2: タンパク質 | 分子量: 41178.234 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1045-1396 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPRBP, DCAF1, KIAA0800, RIP 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase #3: タンパク質 | 分子量: 25382.957 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 85-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNG, DGU, UNG1, UNG15 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P13051, uracil-DNA glycosylase #4: タンパク質 | 分子量: 11396.878 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate NY5) (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate NY5 / 遺伝子: vpr 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 参照: UniProt: P12520 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.91 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: batch mode / 詳細: 100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.49→40.3 Å / Num. obs: 77315 / Biso Wilson estimate: 188.78 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.49→40.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9415 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.422
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原子変位パラメータ | Biso mean: 193.89 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 1.036 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.49→40.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.49→3.58 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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