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万見
- PDB-5jjg: Structure of magnesium-loaded ALG-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjg
タイトルStructure of magnesium-loaded ALG-2
要素Pcalcium-binding protein ALG-2, rogrammed cell death protein 6
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / ALG-2 / penta-EF-HAND PROTEIN / CALCIUM BINDING PROTEIN (カルシウム結合タンパク質) / Apoptosis-Linked Gene 2
機能・相同性
機能・相同性情報


neural crest formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity ...neural crest formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / negative regulation of TOR signaling / positive regulation of protein monoubiquitination / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum exit site / protein-membrane adaptor activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / intracellular protein transport / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / positive regulation of angiogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to heat / cytoplasmic vesicle / 血管新生 / protein dimerization activity / エンドソーム / apoptotic process / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / magnesium ion binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Programmed cell death protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Tanner, J.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: EF5 Is the High-Affinity Mg(2+) Site in ALG-2.
著者: Tanner, J.J. / Frey, B.B. / Pemberton, T. / Henzl, M.T.
履歴
登録2016年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pcalcium-binding protein ALG-2, rogrammed cell death protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2037
ポリマ－19,9501
非ポリマー2536
水1,910106
1
A: Pcalcium-binding protein ALG-2, rogrammed cell death protein 6
ヘテロ分子

A: Pcalcium-binding protein ALG-2, rogrammed cell death protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,40714
ポリマ－39,9012
非ポリマー50612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.530, 48.529, 54.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Pcalcium-binding protein ALG-2, rogrammed cell death protein 6 / ALG-257 / PMP41 / Probable calcium-binding protein ALG-2


分子量: 19950.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pdcd6, Alg2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12815
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 39-32% isopropanol, 0.10 M Tris, pH 7.4, 1.0 mM EGTA, 1.0 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→54.35 Å / Num. obs: 22193 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.81 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.72-1.756.51.0141100
9.1-54.355.40.02194.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.9データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZND

2znd


解像度: 1.72→54.35 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 21.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2075 2085 5.02 %
Rwork0.1797 --
obs0.181 22144 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.59 Å2 / Biso mean: 30.2269 Å2 / Biso min: 14.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→54.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1398 0 15 106 1519
Biso mean--35.79 37.67 -
残基数----168
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6941941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.148833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.72-1.76010.32791280.308226512779100
1.7601-1.80410.31081440.288426682812100
1.8041-1.85280.24441400.250326132753100
1.8528-1.90740.28541770.230625552732100
1.9074-1.96890.22131230.21926692792100
1.9689-2.03930.22591570.197925922749100
2.0393-2.1210.22911400.17832633277399
2.121-2.21750.22981460.178226262772100
2.2175-2.33440.21281360.166726232759100
2.3344-2.48070.25121200.165326402760100
2.4807-2.67220.19591170.180426542771100
2.6722-2.94110.18511260.176426682794100
2.9411-3.36660.22191630.180125822745100
3.3666-4.24140.17651310.1626452776100
4.2414-54.37710.17471370.16242613275099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.71 Å / Origin y: 16.8607 Å / Origin z: -18.6279 Å
111213212223313233
T0.1379 Å20.0191 Å2-0.0312 Å2-0.1681 Å2-0.0107 Å2--0.1711 Å2
L0.8288 °20.2929 °2-0.5796 °2-1.2563 °2-0.4431 °2--1.5536 °2
S-0.008 Å °-0.0128 Å °-0.0115 Å °0.1731 Å °-0.0693 Å °-0.0302 Å °-0.0799 Å °-0.0723 Å °0.0783 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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