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- PDB-5jhh: Crystal structure of the ternary complex between the human RhoA, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jhh
タイトルCrystal structure of the ternary complex between the human RhoA, its inhibitor and the DH/PH domain of human ARHGEF11
要素
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 11
  • Transforming protein RhoA
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSCRIPTION/INHIBITOR / RhoA-inhibitor-ARHGEF11 ternary complex / target-based pharmaceutical design / SIGNALING PROTEIN-TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity ...aortic valve formation / alpha-beta T cell lineage commitment / mitotic cleavage furrow formation / bone trabecula morphogenesis / positive regulation of lipase activity / endothelial tube lumen extension / skeletal muscle satellite cell migration / positive regulation of vascular associated smooth muscle contraction / angiotensin-mediated vasoconstriction involved in regulation of systemic arterial blood pressure / SLIT2:ROBO1 increases RHOA activity / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / Roundabout signaling pathway / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / regulation of neural precursor cell proliferation / cleavage furrow formation / regulation of modification of postsynaptic actin cytoskeleton / regulation of osteoblast proliferation / forebrain radial glial cell differentiation / cell junction assembly / apical junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / cellular response to chemokine / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / beta selection / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / negative regulation of cell size / RHO GTPases Activate ROCKs / negative regulation of oxidative phosphorylation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / RHO GTPases activate CIT / PCP/CE pathway / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / RHO GTPases activate KTN1 / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / negative regulation of cell-substrate adhesion / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / ossification involved in bone maturation / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / 歯の発生 / motor neuron apoptotic process / wound healing, spreading of cells / PI3K/AKT activation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / apical junction complex / regulation of focal adhesion assembly / negative chemotaxis / myosin binding / RHOB GTPase cycle / establishment of cell polarity / NRAGE signals death through JNK / EPHA-mediated growth cone collapse / stress fiber assembly / regulation of neuron projection development / RHOC GTPase cycle / androgen receptor signaling pathway / positive regulation of cytokinesis / cellular response to cytokine stimulus / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / 分裂溝 / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / Rho protein signal transduction / ficolin-1-rich granule membrane / mitotic spindle assembly / RHOA GTPase cycle / striated muscle contraction / endothelial cell migration / positive regulation of T cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic microtubule organization / skeletal muscle tissue development / regulation of cell migration / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / positive regulation of neuron differentiation / GTPase activator activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / secretory granule membrane / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / kidney development / G protein-coupled receptor binding / cell periphery / RHO GTPases Activate Formins
類似検索 - 分子機能
Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain ...Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZドメイン / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / Rab subfamily of small GTPases / PDZ superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RA0 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11 / Transforming protein RhoA
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lv, Z. / Wang, R. / Ma, L. / Miao, Q. / Wu, J. / Yan, Z. / Li, J. / Miao, L. / Wang, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Jiangsu Province science and technology plan items (Jiangsu Province science and technology enterprise technology innovation Fund)BC2013062 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of a small GTPase RhoA bound with its inhibitor and PDZRhoGEF
著者: Wang, R. / Yan, Z. / Lv, Z. / Ma, L. / Miao, Q. / Chen, Q. / Wang, F. / Li, J. / Miao, L.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 11
B: Transforming protein RhoA
E: Rho guanine nucleotide exchange factor 11
F: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6679
ポリマ－126,7504
非ポリマー9175
水8,611478
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 11
B: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8805
ポリマ－63,3752
非ポリマー5053
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
2
E: Rho guanine nucleotide exchange factor 11
F: Transforming protein RhoA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7884
ポリマ－63,3752
非ポリマー4122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area25620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.855, 119.049, 90.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 11 / PDZ-RhoGEF


分子量: 42907.656 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 714-1081 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF11, KIAA0380 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O15085
#2: タンパク質 Transforming protein RhoA / / Rho cDNA clone 12 / h12


分子量: 20467.457 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOA, ARH12, ARHA, RHO12 / 発現宿主: Escherichia Coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61586
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-RA0 / 3-{3-[ethyl(quinolin-2-yl)amino]phenyl}propanoic acid


分子量: 320.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C20H20N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2% v/v Tacsimate pH 5.0, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.541782 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541782 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→82.44 Å / Num. obs: 73383 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19.268
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0073 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→82.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 6.56 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23904 3565 4.9 %RANDOM
Rwork0.1932 ---
obs0.1955 69765 96.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.03 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→82.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8675 0 66 478 9219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0199064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6191.98612238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8143.00120600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8551097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49623.959437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.478151755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6381585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4463.8224358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.443.8214357
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.135.7115465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1315.7125466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4934.3764706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4934.3774707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0286.3446774
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.7230.64610838
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.7230.65410839
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 255 -
Rwork0.262 4872 -
obs--91.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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