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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j67 | |||||||||
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タイトル | Structure of Astrotactin-2, a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development | |||||||||
要素 | Astrotactin-2 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / MACPF / annexin-like / fibronectin / neural guidance | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / clathrin-coated vesicle / neuron migration / protein transport / late endosome ...establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / clathrin-coated vesicle / neuron migration / protein transport / late endosome / cell cortex / perikaryon / endosome / early endosome / calcium ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Open Biology / 年: 2016 タイトル: Structure of astrotactin-2: a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development. 著者: Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j67.cif.gz | 904.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j67.ent.gz | 774.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j67_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5j67_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5j67_validation.xml.gz | 77.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j67_validation.cif.gz | 102.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65054.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASTN2, KIAA0634 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75129 #2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-I3P / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 12% PEG 20000, 150 mM KSCN, 0.1 M Bis-tris propane pH7.5 - 8.5 PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.16→98.58 Å / Num. obs: 73362 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.1 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.16→98.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 52.166 / SU ML: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 136.337 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.16→98.58 Å
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拘束条件 |
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