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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j4b | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with cisplatin (co-crystallized) and bound to mRNA and A-, P- and E-site tRNAs at 2.6A resolution | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / cisplatin (シスプラチン) / anticancer drug (化学療法 (悪性腫瘍)) / cytotoxicity (細胞毒性) / inhibition of translation / translocation / mRNA channel / GTPase activating center | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Melnikov, S.V. / Soll, D. / Steitz, T.A. / Polikanov, Y.S. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016 タイトル: Insights into RNA binding by the anticancer drug cisplatin from the crystal structure of cisplatin-modified ribosome. 著者: Melnikov, S.V. / Soll, D. / Steitz, T.A. / Polikanov, Y.S. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j4b.cif.gz | 7.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j4b.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5j4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j4b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 14分子 1A2A1B2B1a2a1v2v1w1y2w2y1x2x
#1: RNA鎖 | 分子量: 948035.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 #2: RNA鎖 | 分子量: 39188.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 #32: RNA鎖 | 分子量: 493864.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 参照: GenBank: 55771382 #53: RNA鎖 | 分子量: 7804.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IDT-Synthesized 24-nt M-F-Stop mRNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #54: RNA鎖 | 分子量: 24645.881 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phenylalanine tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 #55: RNA鎖 | 分子量: 24846.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initiator Methionine tRNA / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE-600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE-600 |
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+50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 1D2D1E2E1F2F1G2G1H2H1I2I1N2N1O2O1P2P1Q2Q1R2R1S2S1T2T1U2U1V2V...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 1b2b1c2c1d2d1e2e1f2f1g2g1h2h1i2i1j2j1k2k1l2l1m2m1n2n1o2o1p2p...
#33: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 #34: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 #35: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 #36: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 #37: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 #38: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 #39: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS #40: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 #41: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 #42: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 #43: タンパク質 | 分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 #44: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 #45: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #46: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 #47: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 #48: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS #49: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 #50: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 #51: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 #52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
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-非ポリマー , 6種, 8278分子
#56: 化合物 | ChemComp-MG / #57: 化合物 | #58: 化合物 | ChemComp-CPT / #59: 化合物 | ChemComp-ZN / #60: 化合物 | #61: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 % / 解説: Long needles |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6 詳細: 0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月5日 / 詳細: S/N 60-0112-F | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→365.439 Å / Num. all: 1793093 / Num. obs: 1781049 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.909 % / Biso Wilson estimate: 56.33 Å2 / Rmerge F obs: 0.991 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 1.077 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 6961850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Y4P 解像度: 2.6→147.677 Å / FOM work R set: 0.7939 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 343.52 Å2 / Biso mean: 60.61 Å2 / Biso min: 9.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→147.677 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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