PDB-5j34: Isopropylmalate dehydrogenase K232M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j34

タイトル

Isopropylmalate dehydrogenase K232M mutant

要素

3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

3-イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

dehydrogenase (脱水素酵素) / leucine biosynthesis / glucosinolate biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

embryo sac development /

3-イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ /

3-isopropylmalate dehydrogenase activity / pollen development / L-leucine biosynthetic process /

chloroplast envelope /

色素体 /

葉緑体 /

NAD+ binding /

葉緑体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.827 Å

データ登録者

Lee, S.G. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure and Mechanism of Isopropylmalate Dehydrogenase from Arabidopsis thaliana: INSIGHTS ON LEUCINE AND ALIPHATIC GLUCOSINOLATE BIOSYNTHESIS.
著者: Lee, S.G. / Nwumeh, R. / Jez, J.M.

履歴

登録	2016年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月18日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j34.cif.gz	590.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j34.ent.gz	487.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j34.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/5j34	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j32C 5j33C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r8w-2 3r8w-1 1rwg-d 5u1z-2 1o7x-2 1v5b-1 1rwh-d 4oca-1 1cnz-d 2fn6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

C: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

D: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

ヘテロ分子

174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

C: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

D: 3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.803, 76.820, 209.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	3-isopropylmalate dehydrogenase 2, chloroplastic / 3-イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ / IMDH 2 / Beta-IPM dehydrogenase 2 分子量: 43422.684 Da / 分子数: 4 / 変異: K232M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: IMDH2, IMDH, At1g80560, T21F11.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P93832, 3-イソプロピルリンゴ酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.16 M ammonium sulfate, 0.07 M sodium acetate, 17.5% (v/v) PEG-4000, and 20% (v/v) glycerol PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→38.5 Å / Num. obs: 211778 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: R8W

解像度: 1.827→38.41 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1855	10619	5.02 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1664	211554	97.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.827→38.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10832	0	34	1456	12322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	11283
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.996	15333
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.574	4276
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	1772
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2016

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8269-1.8477	0.3514	280	0.3156	5116	X-RAY DIFFRACTION	76
1.8477-1.8694	0.3081	333	0.2838	6846	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8694-1.8922	0.2971	335	0.2723	6679	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8922-1.9161	0.2981	360	0.2619	6806	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9414	0.297	348	0.2491	6773	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9414-1.968	0.2422	385	0.2233	6812	X-RAY DIFFRACTION	100
1.968-1.9961	0.2458	364	0.2115	6732	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9961-2.0259	0.2331	345	0.2111	6808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0259-2.0575	0.2582	337	0.2085	6796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0575-2.0912	0.2348	372	0.2034	6802	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.1273	0.2277	379	0.2004	6816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1273-2.166	0.2172	362	0.1877	6771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.2076	0.1968	373	0.1818	6811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2076-2.2527	0.2083	330	0.1764	6834	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.3017	0.1994	371	0.1722	6747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3017-2.3552	0.1842	396	0.1689	6808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3552-2.4141	0.1879	341	0.169	6851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4141-2.4794	0.2041	339	0.1681	6855	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4794-2.5523	0.1921	357	0.1635	6778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5523-2.6347	0.1818	368	0.1671	6822	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6347-2.7288	0.1774	377	0.1589	6800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7288-2.838	0.1729	368	0.1601	6786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-2.9671	0.1885	363	0.1591	6847	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9671-3.1235	0.1934	357	0.1574	6803	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1235-3.3191	0.1659	384	0.148	6768	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3191-3.5752	0.1522	359	0.1488	6745	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5752-3.9347	0.1604	357	0.1403	6591	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9347-4.5033	0.1448	339	0.1333	6321	X-RAY DIFFRACTION	91
4.5033-5.6707	0.1636	311	0.1459	6584	X-RAY DIFFRACTION	95
5.6707-38.4185	0.1882	329	0.1735	6427	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5939	-0.8035	-0.9632	3.5443	-0.2001	2.158	-0.1464	-0.1237	-0.2951	0.1693	-0.0553	0.1243	0.2816	-0.1383	0.1753	0.3005	-0.0098	0.0984	0.3028	0.0069	0.1996	24.8226	9.7688	51.0316
2	1.3668	0.043	0.1195	1.2908	0.0355	1.9978	-0.0277	-0.0838	0.0485	0.0692	-0.0584	-0.0063	-0.0898	0.0803	0.0769	0.1757	0.0208	0.0024	0.1979	-0.0027	0.1866	40.14	23.61	34.7666
3	2.8025	-1.3437	-0.6662	3.3115	0.9094	2.8446	-0.1371	-0.42	-0.4006	0.2447	-0.0689	-0.2112	0.5321	0.3163	0.1765	0.3216	0.0645	0.0533	0.3325	0.1131	0.308	40.3187	3.3437	48.6376
4	4.2765	0.8173	0.9266	3.6942	-0.1982	1.7615	-0.1146	0.1046	0.2584	-0.1599	-0.0591	0.1673	-0.2679	-0.1401	0.1816	0.2847	0.0207	-0.0691	0.3052	0.0023	0.1871	63.1668	28.8293	53.9017
5	1.329	0.0526	-0.0756	1.2126	0.0228	1.9305	-0.0229	0.0924	-0.0449	-0.0779	-0.0607	-0.0205	0.0741	0.1088	0.0822	0.1738	-0.0181	0.015	0.1982	0.0013	0.1902	78.6848	14.8845	70.0303
6	2.5601	1.1658	0.5725	3.1544	0.7604	2.8092	-0.1356	0.4262	0.4084	-0.3185	-0.066	-0.1884	-0.56	0.3015	0.1506	0.3284	-0.0618	-0.0382	0.3353	0.1173	0.3119	78.6215	35.1219	56.208
7	2.8822	-0.3376	-0.1633	3.5204	-1.4841	1.5518	-0.0297	0.2002	0.1387	-0.1721	-0.1439	-0.2427	-0.1018	0.2271	0.1434	0.3077	-0.0011	0.005	0.2855	0.0539	0.1999	47.0226	31.396	2.1064
8	1.2786	-0.0276	0.013	1.3395	0.2469	1.9634	-0.0587	0.0615	-0.0221	-0.0787	-0.0226	0.0754	0.0943	-0.0829	0.0832	0.1965	0.0211	0.0127	0.1732	-0.0052	0.1904	33.7396	16.9623	18.1301
9	3.1045	-1.3543	0.6044	2.5424	-0.6234	2.6129	-0.0422	0.315	-0.161	-0.392	-0.18	-0.4143	0.3599	0.5714	0.1533	0.3511	0.068	0.1238	0.3219	0.0489	0.3265	54.401	17.1727	3.8725
10	3.6278	0.8416	0.0126	5.0375	-0.5698	2.3602	-0.0603	-0.1805	-0.142	0.2132	-0.1419	-0.2529	0.0922	0.2809	0.2086	0.3058	0.0118	-0.0099	0.3007	0.0965	0.1973	86.9745	6.1077	104.4094
11	1.1381	-0.0449	-0.0332	1.1451	0.0537	1.8976	-0.056	-0.0674	0.011	0.0938	-0.0139	0.052	-0.0616	-0.0523	0.07	0.1917	-0.0237	0.0144	0.177	-0.0071	0.1915	72.7524	20.1799	87.7107
12	3.131	1.1617	-0.7159	2.8515	-0.6647	2.9191	-0.0861	-0.2568	0.1744	0.4018	-0.1417	-0.416	-0.3155	0.5552	0.15	0.3201	-0.0645	-0.1059	0.3155	0.0499	0.3161	92.5155	21.2883	100.9173
13	2	2	2	2	2	2	-2.1472	-3.5833	9.995	11.3205	-1.5416	-8.6078	-4.0569	7.5604	3.7082	1.0104	-0.1812	-0.105	0.8347	0.037	1.0747	97.5338	30.6614	114.3596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 41 through 139 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 298 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 299 through 399 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 41 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 140 through 298 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 299 through 399 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 41 through 149 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 150 through 298 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 299 through 399 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 41 through 127 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 128 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 299 through 398 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 399 through 399 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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