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万見
- PDB-5ivr: Crystal Structure of HIV Protease complexed with methyl N-[(1S)-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ivr
タイトルCrystal Structure of HIV Protease complexed with methyl N-[(1S)-1-[[2-[(3S)-3-[(4-aminophenyl)methylamino]-4-hydroxy-butyl]phenyl]carbamoyl]-2,2-diphenyl-ethyl]carbamate
要素Proteaseプロテアーゼ
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / protease (プロテアーゼ) / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6EG / プロテアーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Su, H.P.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
著者: Bungard, C.J. / Williams, P.D. / Ballard, J.E. / Bennett, D.J. / Beaulieu, C. / Bahnck-Teets, C. / Carroll, S.S. / Chang, R.K. / Dubost, D.C. / Fay, J.F. / Diamond, T.L. / Greshock, T.J. / ...著者: Bungard, C.J. / Williams, P.D. / Ballard, J.E. / Bennett, D.J. / Beaulieu, C. / Bahnck-Teets, C. / Carroll, S.S. / Chang, R.K. / Dubost, D.C. / Fay, J.F. / Diamond, T.L. / Greshock, T.J. / Hao, L. / Holloway, M.K. / Felock, P.J. / Gesell, J.J. / Su, H.P. / Manikowski, J.J. / McKay, D.J. / Miller, M. / Min, X. / Molinaro, C. / Moradei, O.M. / Nantermet, P.G. / Nadeau, C. / Sanchez, R.I. / Satyanarayana, T. / Shipe, W.D. / Singh, S.K. / Truong, V.L. / Vijayasaradhi, S. / Wiscount, C.M. / Vacca, J.P. / Crane, S.N. / McCauley, J.A.
履歴
登録2016年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3707
ポリマ－21,6622
非ポリマー7095
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area9720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.190, 85.960, 46.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protease / プロテアーゼ


分子量: 10830.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77VV3
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-6EG / N-{2-[(3S)-3-{[(4-aminophenyl)methyl]amino}-4-hydroxybutyl]phenyl}-Nalpha-(methoxycarbonyl)-beta-phenyl-L-phenylalaninamide


分子量: 566.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaCl / PH範囲: 5.0-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.19 Å / Num. obs: 35192 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 17.37 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 163487
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.591.70.246561932120.8830.20.3192.452.8
4.49-48.195.20.193802815460.9540.0910.2148.699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.6データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→48.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9393 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9263 / SU R Cruickshank DPI: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.078 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.071
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 1748 4.98 %RANDOM
Rwork0.1926 ---
obs0.1933 35086 92.34 %-
原子変位パラメータBiso max: 83.81 Å2 / Biso mean: 18.84 Å2 / Biso min: 8.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8202 Å20 Å20 Å2
2--1.0259 Å20 Å2
3----0.2057 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.167 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1520 0 46 197 1763
Biso mean--26.03 29.17 -
残基数----198
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d569SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes238HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it1604HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion218SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1969SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1604HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2176HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.11
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 61 4.73 %
Rwork0.2368 1228 -
all0.2378 1289 -
obs--92.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.56240.0230.20540.60550.40460.61150.01590.0569-0.0225-0.0526-0.0253-0.0150.03710.04040.00940.007-0.00160.01060.00510.0038-0.0054-14.380411.0088-12.9686
20.16820.28970.11411.08460.42140.823-0.0053-0.02730.01070.03930.0080.04640.0194-0.01-0.0027-0.01480.0030.00110.00060.00250.0056-12.796822.21735.7488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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