+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5iko | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human brain glycogen phosphorylase | ||||||
要素 | Glycogen phosphorylase, brain formグリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GP / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE (グリコーゲンホスホリラーゼ) / GLYCOGEN METABOLISM / GLYCOGEN DISEASE / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / NUCLEOTIDE-BINDING / ALLOSTERIC ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / azurophil granule lumen / pyridoxal phosphate binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome ...グリコーゲンホスホリラーゼ / glycogen phosphorylase activity / linear malto-oligosaccharide phosphorylase activity / SHG alpha-glucan phosphorylase activity / glycogen catabolic process / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / azurophil granule lumen / pyridoxal phosphate binding / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Mathieu, C. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Xu, X. / Haouz, A. / Rodrigues-Lima, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Insights into Brain Glycogen Metabolism: THE STRUCTURE OF HUMAN BRAIN GLYCOGEN PHOSPHORYLASE. 著者: Mathieu, C. / de la Sierra-Gallay, I.L. / Duval, R. / Xu, X. / Cocaign, A. / Leger, T. / Woffendin, G. / Camadro, J.M. / Etchebest, C. / Haouz, A. / Dupret, J.M. / Rodrigues-Lima, F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5iko.cif.gz | 179.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5iko.ent.gz | 140.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5iko.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5iko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/5iko | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 97110.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BRAIN ISOFORM / 遺伝子: PYGB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P11216, グリコーゲンホスホリラーゼ | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PLP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.31 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28 % (v/v) PEG 400, 0.2 M calcium chloride, and 0.1 M HEPES, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→47.37 Å / Num. obs: 37317 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 26 % / Net I/σ(I): 20.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Z8D 解像度: 2.5→47.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 9.873 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.264 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.33 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|