PDB-5htk: Human Heart 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose-2,6-Bisphosphatase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5htk

タイトル

Human Heart 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose-2,6-Bisphosphatase (PFKFB2)

要素

6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2

キーワード

Transferase (転移酵素) /

Hydrolase (加水分解酵素) / Human PFKFB2

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of glucokinase activity /

ホスホフルクトキナーゼ2 /

6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process /

フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ /

fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / glucose catabolic process / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / lactate metabolic process / fructose metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Crochet, R.B.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of heart 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase (PFKFB2) and the inhibitory influence of citrate on substrate binding.
著者: Crochet, R.B. / Kim, J.D. / Lee, H. / Yim, Y.S. / Kim, S.G. / Neau, D. / Lee, Y.H.

履歴

登録	2016年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5htk.cif.gz	533.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5htk.ent.gz	445 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5htk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5htk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5htk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hr5C 1k6mS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ajx-1 5ajw-1 3nbf-d 4d4k-1 6etj-1 2o1s-1 5nj8-d 6dzs-2 3qpw-1 22807 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (7) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

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「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (7)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (6)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2

B: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.523, 113.946, 133.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2 / PFK/FBPase 2 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase heart-type isozyme

分子量: 58632.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKFB2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: O60825,

ホスホフルクトキナーゼ2,

フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ

#5: 糖

ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸 /

フルクトース-6-リン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

-
非ポリマー , 7種, 735分子

#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 717 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 100mM MES, 0.5-3.0% polyethylene glycol 8000, 13-16% polyethylene glycol 3350, and 3% dioxane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Liquid N2
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.3808 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.3808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→38.55 Å / Num. obs: 106633 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 16.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2000:)	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1K6M

1k6m

解像度: 2.01→38.55 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1749	5306	4.99 %
R_work	0.1493	-	-
obs	0.1506	101083	95.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→38.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6925	0	194	717	7836

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	7260
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4	9811
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.747	2778
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0041-2.0269	0.3256	197	0.3162	3089	X-RAY DIFFRACTION	47
2.0269-2.0507	0.2924	290	0.2811	5445	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0507-2.0757	0.2448	284	0.2367	5938	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0757-2.102	0.2502	330	0.229	6606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.102-2.1297	0.2382	386	0.2116	6647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1297-2.1589	0.2137	337	0.1917	6666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1589-2.1897	0.2245	368	0.1908	6663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1897-2.2224	0.218	331	0.1831	6688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2224-2.2571	0.2127	327	0.1786	6578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2571-2.2941	0.2151	338	0.1633	6673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2941-2.3336	0.1814	335	0.1549	6685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3336-2.3761	0.182	330	0.1569	6616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3761-2.4218	0.1868	386	0.155	6614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4218-2.4712	0.1829	378	0.1483	6636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4712-2.5249	0.1857	336	0.151	6535	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5249-2.5836	0.1901	335	0.1523	6689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5836-2.6482	0.1946	348	0.146	6572	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6482-2.7198	0.1657	364	0.1412	6562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7198-2.7998	0.171	343	0.1419	6570	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7998-2.8902	0.1723	320	0.1408	6612	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8902-2.9934	0.1645	321	0.1393	6509	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9934-3.1132	0.1759	351	0.1435	6499	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1132-3.2549	0.1658	378	0.1491	6439	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2549-3.4264	0.1794	336	0.1479	6387	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4264-3.6409	0.1637	307	0.1389	6269	X-RAY DIFFRACTION	94
3.6409-3.9217	0.1651	316	0.1302	6320	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9217-4.3159	0.132	322	0.1219	6223	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3159-4.9394	0.1339	371	0.1159	6302	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9394-6.2188	0.1567	336	0.1429	6345	X-RAY DIFFRACTION	95
6.2188-10	0.1769	331	0.1599	6458	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4315	0.1492	0.0678	0.4636	-0.1595	0.0919	0.0021	0.0924	0.0396	-0.1775	-0.0682	-0.1161	-0.0253	0.2367	0.0001	0.3051	-0.0259	-0.0262	0.3167	0.0183	0.3292	34.8242	92.8054	20.3408
2	1.5754	0.5747	0.3473	1.4224	0.0336	1.0511	0.0216	0.0363	0.2245	-0.0707	-0.1111	-0.2311	-0.2002	0.2556	-0.0008	0.2635	-0.0959	-0.0204	0.3152	0.0471	0.3747	40.9642	104.4357	23.7607
3	0.3477	-0.2236	0.2474	1.6076	-0.9142	1.0179	0.0051	-0.033	0.0184	0.0425	-0.0217	-0.0461	0.0062	0.0431	-0	0.2128	-0.0021	-0.039	0.2289	0.0023	0.2202	27.1349	74.6585	36.8275
4	0.6329	0.1984	0.0873	0.3882	0.083	0.2331	0.0951	0.0179	-0.0485	0.1264	-0.2417	-0.2094	0.0044	0.3735	-0.0255	0.3217	0.027	-0.0761	0.3915	0.0698	0.3378	40.8731	69.7595	41.9616
5	0.6441	0.0009	-0.1834	0.6535	0.0148	0.3379	-0.1397	-0.0574	0.0112	0.0354	0.1103	0.0697	0.004	-0.0887	0	0.2334	0.0259	-0.0407	0.296	0.0143	0.2623	-0.7298	89.3386	17.8399
6	1.4433	-0.0711	0.119	1.0039	-0.0151	0.6688	-0.1516	-0.0358	0.0955	0.0071	0.1206	0.1137	-0.0314	-0.1906	-0	0.264	0.0253	-0.015	0.3015	-0.0014	0.2871	-3.1618	94.1658	16.7394
7	0.6625	0.0697	0.2019	0.4886	-0.0073	0.0632	-0.0632	-0.0372	0.1545	-0.0554	-0.0489	0.0016	-0.1226	0.0579	-0	0.2974	0.033	-0.073	0.2667	-0.0189	0.3113	12.3624	96.5103	19.8187
8	0.62	-0.3887	-0.1138	1.6076	0.6987	1.3284	-0.082	0.0678	-0.0271	0.0933	-0.0263	0.0717	0.1051	-0.0651	0	0.2452	-0.0141	0.0149	0.2425	-0.0147	0.2159	20.4778	67.4762	2.1374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 31:64 )	A	31 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 65:214 )	A	65 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 215:426 )	A	215 - 426
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 427:455 )	A	427 - 455
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 31:95 )	B	31 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 96:198 )	B	96 - 198
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 199:251 )	B	199 - 251
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 252:450 )	B	252 - 450

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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