PDB-5hi1: Backbone Modifications in the Protein GB1 Helix: Aib24, beta-3-Ly...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hi1

タイトル

Backbone Modifications in the Protein GB1 Helix: Aib24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, Aib35

要素

Immunoglobulin G-binding protein G

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) / synthetic protein

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sp. group G (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Tavenor, N.A. / Reinert, Z.E. / Lengyel, G.A. / Griffith, B.D. / Horne, W.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2016
タイトル: Comparison of design strategies for alpha-helix backbone modification in a protein tertiary fold.
著者: Tavenor, N.A. / Reinert, Z.E. / Lengyel, G.A. / Griffith, B.D. / Horne, W.S.

履歴

登録	2016年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hi1.cif.gz	104.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hi1.ent.gz	83.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hi1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hi1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/5hi1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hfyC 5hg2C 2qmtS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bmg-3 6nl9-3 4ozb-2 4oza-d 5bmg-6 4ozc-d 6nl7-4 5ofs-1 2gi9-d 6l91-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin G-binding protein G

B: Immunoglobulin G-binding protein G

C: Immunoglobulin G-binding protein G

D: Immunoglobulin G-binding protein G

E: Immunoglobulin G-binding protein G

F: Immunoglobulin G-binding protein G

G: Immunoglobulin G-binding protein G

H: Immunoglobulin G-binding protein G

ヘテロ分子

49.7 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Immunoglobulin G-binding protein G

登録者が定義した集合体
6.19 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Immunoglobulin G-binding protein G

登録者が定義した集合体
6.19 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Immunoglobulin G-binding protein G

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.25 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Immunoglobulin G-binding protein G

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.25 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Immunoglobulin G-binding protein G

登録者が定義した集合体
6.19 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Immunoglobulin G-binding protein G

登録者が定義した集合体
6.19 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Immunoglobulin G-binding protein G

登録者が定義した集合体
6.19 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Immunoglobulin G-binding protein G

登録者が定義した集合体
6.19 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.371, 73.430, 79.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-217- HOH
2	1	C-228- HOH
3	1	E-138- HOH
4	1	F-132- HOH

#1: 抗体	Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G 分子量: 6194.751 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 302-357 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Streptococcus sp. group G (バクテリア) 参照: UniProt: P19909
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	Backbone Modifications in the Protein GB1 Helix: Aib24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, Aib35

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 20% (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→41.15 Å / Num. obs: 22880 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.04 % / R_merge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QMT

2qmt

解像度: 2.15→41.15 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.64 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2518	2000	8.75 %
R_work	0.2141	-	-
obs	0.2174	22864	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3484	0	8	265	3757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3572
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	4886
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.209	1142
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.3497	132	0.2688	1380	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2038-2.2634	0.2851	140	0.2706	1464	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2634-2.3299	0.3099	142	0.2623	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3299-2.4051	0.3005	143	0.2543	1488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4051-2.4911	0.3319	146	0.2428	1518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4911-2.5908	0.2875	140	0.2545	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5908-2.7087	0.292	144	0.2438	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7087-2.8515	0.2753	143	0.2407	1497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8515-3.0301	0.2617	143	0.2198	1489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0301-3.264	0.2241	146	0.2149	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
3.264-3.5923	0.2366	142	0.1987	1488	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5923-4.1116	0.2436	146	0.1795	1514	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1116-5.1786	0.172	144	0.1682	1517	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1786-41.1609	0.2412	149	0.1983	1537	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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