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- PDB-5gy3: The crystal structure of endoglucanase Cel10, a family 8 glycosyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gy3
タイトルThe crystal structure of endoglucanase Cel10, a family 8 glycosyl hydrolase from Klebsiella pneumoniae
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Attigani, A. / Li, S.P. / Sun, L.F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of the endoglucanase Cel10, a family 8 glycosyl hydrolase from Klebsiella pneumoniae
著者: Attigani, A. / Sun, L. / Wang, Q. / Liu, Y. / Bai, D. / Li, S. / Huang, X.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3001
ポリマ－35,3001
非ポリマー00
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.570, 73.256, 79.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glucanase /


分子量: 35299.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: cel10 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0J4VP90, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 % / Mosaicity: 0.189 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M Glycine, pH 9, 30% PEG 8000, 0.5M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 30441 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 14.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 2.94 / Net I/av σ(I): 32.977 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 130639
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.84.40.20815080.9540.1080.2361.9399.9
1.8-1.834.40.19115120.9720.0980.2151.96699.9
1.83-1.874.40.18215170.9670.0940.2062.12299.9
1.87-1.914.40.15715330.9780.080.1772.18899.9
1.91-1.953.80.1615220.970.0890.1843.03899.5
1.95-1.9940.15115200.9770.0810.1723.05599.3
1.99-2.044.40.1215320.9850.0610.1352.46899.8
2.04-2.14.40.11115190.9830.0580.1262.62199.5
2.1-2.164.40.10215350.9850.0530.1162.68299.4
2.16-2.234.40.09715200.9880.050.112.68699.1
2.23-2.314.40.0915210.9870.0470.1022.91899.3
2.31-2.44.40.08815340.9880.0450.12.93799.1
2.4-2.514.10.09115270.9870.0480.1033.67498.6
2.51-2.644.40.07615200.9910.040.0873.00798.5
2.64-2.814.40.07415280.9910.0380.0843.22398.5
2.81-3.034.30.07615150.9910.0390.0863.56597.7
3.03-3.334.20.07415220.990.040.0854.17496
3.33-3.814.10.07115220.990.0390.0824.39396.2
3.81-4.84.20.06215190.9910.0330.0713.69694.9
4.8-504.30.05515150.9940.0290.0632.83388.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.77→33.245 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1952 1433 4.71 %
Rwork0.1631 --
obs0.1646 30399 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→33.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 0 0 469 2964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8053513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6041509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7701-1.83330.27221390.19692807X-RAY DIFFRACTION97
1.8333-1.90670.21641610.17832895X-RAY DIFFRACTION100
1.9067-1.99350.231410.17742909X-RAY DIFFRACTION99
1.9935-2.09860.21131540.16562885X-RAY DIFFRACTION100
2.0986-2.230.17071440.16122928X-RAY DIFFRACTION99
2.23-2.40220.21911320.16232932X-RAY DIFFRACTION99
2.4022-2.64380.21511530.17112892X-RAY DIFFRACTION99
2.6438-3.02620.18061440.172915X-RAY DIFFRACTION98
3.0262-3.81180.17621390.152902X-RAY DIFFRACTION96
3.8118-33.25070.17021260.15162901X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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